军机处和内阁区别在于军机处没有实权，而内阁是拥有实权的权力机关。清朝时期的内阁制度沿袭了明朝，到康熙年间才确立，雍正执政时期，为了避免内阁权力过盛，威胁到皇权，就设立了军机处，但军机处只是听从皇帝指令的机关。
清朝是历史上最后一个封建君主专制王朝，它的许多制度都是从前朝延续下来的，像明朝的内阁制度是当时地位最高的机构，属于皇帝的秘书处，而且内阁大臣是有实权的，明朝成化和弘治期间，内阁的权力甚至可以与皇权抗衡，也是皇帝最器重的文官政府。
张居正曾担任明朝的丞相，也是内阁最高统治者，相当于现在的首相位置，万历皇帝时期，张居正完全可以把持朝政，进行一系列改革。军机处是清朝才设立的机构，主要任务是听从皇帝旨意，宣布皇帝命令，虽然军机处跟皇帝更亲近，但军机处的大臣没有实权，有名无实。
