發生了下垂粘液腺囊腫一般不能自愈，要行手術治療或穿刺治療。手術方式主要包括兩種：
第一種為粘液腺囊腫切除術，是指將囊腫和周圍的異常組織一併切除，從而將囊腫治癒。
第二種為粘液腺囊腫摘除術，是指將囊腫單純摘除，一般不切除周圍的組織。
如果患者不想手術治療，也可以採取穿刺的方法進行處理，將粘液腺囊腫內的液體給予抽出，然後向囊內注射碘酊，能夠促使囊腫纖維化，從而將囊腫治癒。在手術以後或者穿刺以後，還要觀察上述的癒合情況。
