引起少精子症的原因包括以下幾個方面：
1、精索靜脈曲張：精索靜脈曲張時，使睾丸的局部温度升高，血管活性物質增加，從而影響睾丸生精功能。但精索靜脈曲張程度與精子質量不成比例。
2、隱睾：隱睾是影響精液質量重要原因之一。單側隱睾約60%病人不育，因此若精子密度低，又有隱睾存在，必須及早治療。
3、生殖道感染：附屬生殖腺的慢性感染，可以影響精液中的各種化驗指標。
4、自身免疫：生殖免疫學研究發現，男性自身免疫可影響生育能力，抗精子抗體可影響精子的產生和運送。
5、內分泌異常：男性正常生精功能依靠於下丘腦-垂體-性腺軸功能的正常，其中任何一環節障礙，都會影響生精功能，其它如甲狀腺、腎上腺疾病也會影響生殖腺功能而致少精子症。
6、染色體異常：染色體畸變對精子密度、活動率及形態均有嚴重影響。
7、其它：陰囊温度過高，放射損傷，化學毒品及藥物影響均可造成少精子症。
在精液化驗的同時，檢測血漿垂體促卵泡激素(FSH)。如血漿FSH明顯升高屬原發性少精子症，血漿中FSH和黃體生成素(LH)低於正常屬於繼發性少精子症。對於少精子症的治療必須針對不同病因採取不同的措施。
