(一)中醫學的認識：肛門濕疹病因複雜，多因風、濕、熱邪客於肌膚;或血虛生風，化燥傷陰，肌膚失養;或臟腑藴毒，濁氣下降，尿糞浸漬;或食積蟲擾所致。飲食失節，脾失健運，內藴濕熱，也是本病發生的重要原因。《外科正宗》説：“此證初如粟米，癢而蒹痛，破流黃水，浸淫成片，隨處可生。由脾胃濕熱，外受風邪，相搏而成。”如風盛則瘙癢不止，濕盛則糜爛流水，風濕互結，發為風濕瘍。若見皮厚如革，乾枯皸裂，發為頑濕。總之，急性者多因素體血熱，或飲食不節，傷及脾上，運化失職，致使濕熱內藴，下注肛門，留滯肌膚而發，或由外感風熱之邪侵淫肌膚所致。慢性者多由急性濕疹反覆發作，病久邪深，濕鬱化火，耗傷津血，以致血虛生風化燥;或肝腎不足，肌膚失養而成。
(二)現代醫學的認識：濕疹的病因和發病機理是比較複雜的，可能與以下因素有關：
1.體質與遺傳：有些患者環境改變和經過鍛鍊，體質增強後，再接受以往刺激因子，可不再發生濕疹。説明濕疹的發生與體質有密切關係。本病遺傳基因也有一定關係。遺傳性過敏性皮炎病人有形成IgE的素質，對體內或體外的致病因子有較正常人為高的敏感性，除濕疹外，還可患其他過敏性疾病，如哮喘、鼻炎等。
2.精神與神經功能障礙：當機體處於過度疲勞、精神緊張、壓抑情況下，可引起濕疹，或使某些濕疹症狀加重。神經系統功能障礙，特別是植物神經失調時，常可誘發濕疹。
3.病灶感染：如患者有痔瘡、脱肛、肛管上皮缺損等疾病，由於患者自己的組織蛋白在其體內或體表經過一種複雜過程，使患者皮膚髮生自體敏感，可使皮膚髮生濕疹樣改變。如膽囊炎，膀膠炎等可以是慢性濕疹的原因。
4.消化系統功能障礙：胃腸功能紊亂可造成粘膜的分泌物吸收功能失常，使異性蛋白或過敏原進入體內而發生濕疹。胃腸功能失調造成的營養物質缺乏亦是形成濕疹的原因。
5.血液循環障礙：最常見的是靜脈曲張所致的濕疹，如象皮病皮膚上的濕疹改變，説明皮膚血液循環障礙是濕疹的致病原因之一。
6.內分泌與代謝紊亂：如女性月經期的皮膚變化，即所謂月經疹或黃體酮自家過敏性濕疹，糖尿病患者的濕疹樣皮疹，都説明內分泌與代謝性疾病是濕疹的發病因素之一。
7.變態反應：濕疹主要是由複雜的內外因子激發的一種遲發性變態反應，如各種蛋白食物、花粉、皮毛、細菌、日光、寒冷、染料等均可誘發本病。
