在臨牀上常與尖鋭濕疣混淆的疾病有：
1、皮脂腺異位
顧名思義皮脂腺異位發育和增生所致，常發生於口腔、陰莖龜頭、陰脣黏膜：微高於皮膚，為淡黃色顆粒，無自覺症狀，組織學檢查為成熟的皮脂腺小葉。醋酸白試驗陰性。
2、假性濕疣
此病多發生在已婚青年婦女，為良性乳頭瘤。也屬於組織發育上的變異。皮疹侷限於小陰脣，為粟粒大，黏膜色或淡紅色小丘疹，表面光滑，多數呈現魚子狀外觀。醋酸白試驗陰性。和男性的珍珠樣丘疹一樣，可能與個人生理上的輕度變異有關，也可能與陰道念珠菌及慢性刺激有關。
3、扁平濕疣
扁平濕疣是二期梅毒疹的一種臨牀表現，好發肛周及外生殖器周圍，呈扁平的片狀隆起，表面濕潤，滲液中含有大量的梅毒螺旋體，周圍淋巴結腫大，梅毒血清試驗陽性。
4、鮑温樣丘疹病
該病可能與乳頭溜病毒感染有關，好發於年輕女性，在生殖器部位出現多發性棕紅色扁平丘疹，表面光滑，隆起，可有輕度光澤，直徑2——7mm，沒有尖鋭濕疣的乳頭狀外觀，懷孕後丘疹數目增多，色素沉着明顯。組織學上有類似鮑温病樣改變。
5、陰莖癌
該病多見與50歲以上男性。初起為不痛的小結節，逐漸擴大，穿破包皮形成潰瘍或菜花樣增生，外觀與尖鋭濕疣相似區別是尖鋭濕疣一般不向皮內發展，如有懷疑必須做活檢。
6、陰莖珍珠樣丘疹
該病是發生在冠狀溝邊緣的排列整齊的、粟粒大小、一行到數行的珍珠狀、白色、黃色或暗紅色的半透明丘疹。大約有10%的正常男性不同程度地發生本病，發病的原因可能是生理上的變異，也有的和包皮過長，反覆發生包皮龜頭炎有關。此病無自覺症狀，不潰爛，無傳染性，醋酸白試驗陰性。該病無需治療，可隨年齡增長而自行消退。
