在我們體內，有一類稱為抗體的蛋白質，它們就像警察一樣，監控着入侵體內的“壞蛋”——細菌、病毒、真菌和寄生蟲，隨時準備好調兵遣將將其消滅。不幸的是，正如警察有時會冤枉好人，抗體也會犯糊塗。有時候，抗體會把自身的細胞當成敵人進行攻擊，讓人患上“自身免疫症”。還有的時候，抗體攻擊的雖然是入侵者，但是這些入侵者並不是“壞蛋”（例如沒有完全消化就被吸收進體內的食物蛋白質），抗體對它們如臨大敵反而對身體造成了傷害，甚至能導致死亡。這種情形，我們叫做過敏。
抗體有5種，和過敏有關的那種叫IgE。我們還不能十分肯定IgE究竟對身體有什麼益處，很可能是專門用來對付入侵體內的寄生蟲的。這個作用對現代人來説微不足道，倒是IgE的副作用——過敏更引人注目。某些食物含有某種能招惹IgE的蛋白質成分，稱為抗原。食物中的蛋白質通常在消化道內被消化成氨基酸再被吸收到體內。但是有的蛋白質抵抗胃酸和蛋白酶分解的能力很強，不容易被消化，能少量地穿過消化道的管壁進入血液中。淋巴細胞會大量地生產針對這種抗原的IgE。IgE和一種主要分佈在皮膚、呼吸道、消化道的細胞——肥大細胞結合在一起，下次再碰到同一種抗原時，肥大細胞釋放出許多能導致炎症的物質，引起了種種過敏症狀。
幸好，對大多數人來説，IgE的表現還算正常。那些所謂過敏體質的人畢竟只是少數，只有大約2%~8%的人會對某種或某些食物過敏。能引起過敏的食物主要是海鮮、奶製品、蛋、花生、堅果、大豆、小麥這幾類，90%的食物過敏是由這些食物引起的。#p#分頁標題#e#
近年來，對食物過敏的案例似乎在增加。我們不知道這是由於過敏因素真的增加了，還是由於人們對食物過敏更關注了。但是綠色和平組織之類的“環保組織”卻聲稱，這是由於轉基因食品能引起過敏。果真如此嗎？
所謂轉基因食品，是用轉基因糧食作物生產的。轉基因作物和同類非轉基因作物的區別，在於轉入了某種特定的外源基因。所有的基因的化學成分都是一樣的，都由核酸組成。食物中的核酸是不會引起過敏反應的。如果真的有人對食物中的核酸過敏的話，那他不僅會對轉基因食品過敏，也會對幾乎所有的食品過敏，因為幾乎所有的食品都含有大量的核酸。所以，根本不用擔心轉基因食品中的那一點點外源基因有可能引起過敏。
食物過敏都與食物中的某種蛋白質有關。轉基因作物中的外源基因是通過製造特定的蛋白質發揮作用的，這種外源蛋白質有沒有可能導致過敏呢？研究人員在研究轉基因作物時，已充分考慮到這個問題。來自已知能引起過敏的食物的基因將不被採用。例如，為了增加大豆中的甲硫氨酸的含量以提高大豆作為飼料的營養價值，一種巴西乾果的蛋白質基因曾被轉入大豆，但是實驗發現這種大豆可能會引起某些人過敏，雖然它本來就沒打算讓人吃，也未推向市場。
已知的過敏原大約有500多種。把轉基因作物製造的新蛋白質的化學成分及結構與已知的過敏原一一作比較，如果發現具有一定的相似性，也會被放棄。大部分的過敏原都難以消化，因此轉基因產生的新的蛋白質要檢測是否能夠快速地被消化，如果不能，該轉基因食物也不能供食用。在經過了嚴格的檢測和管理之後，含有過敏原的轉基因食物能夠上市的可能性很小。目前上市的轉基因食品沒有一種被發現含有新的過敏原。#p#分頁標題#e#
有一種抗蟲害轉基因玉米制造的蛋白質Cry9c不那麼容易消化，為慎重起見，美國管理部門規定它只能用來做飼料（其他的抗蟲害轉基因玉米則能供人食用）。2000年發現它被快餐店用於製作玉米片、炸玉米卷，引起全國性回收，商家損失慘重，曾經轟動一時。有28個人聲稱吃了這種轉基因食品出現過敏反應。但是美國疾病控制中心對這些人抽血化驗，沒能在其體內發現針對Cry9c的IgE，認為他們的聲稱沒有證據。對聲稱者進行有安慰劑對照的雙盲試驗，結果也否定了該轉基因食品能引起過敏。
轉基因食品在全球範圍內已被幾十億人食用了十幾年，未發現因此過敏或出現其他不良反應的案例。相反地，轉基因技術可以用來防止食物過敏。
有一些人（主要是5歲以下的幼兒）會對大豆過敏，主要是大豆中一種被稱為P34的蛋白質引起的。2002年，美國科學家用轉基因技術讓編碼P34蛋白質的基因停止作用，大豆就不再生產P34蛋白質這種過敏原了。我們不知道P34蛋白質究竟有何功能，但是看來它對大豆植株的健康無關緊要，這種轉基因大豆與天然的品種長得一樣好。大豆中還有兩種蛋白質會引起過敏。不過，有一些大豆的天然品種缺少這兩種過敏蛋白，因此只要讓這些野生品種的P34基因不起作用，就可以培育出3種過敏蛋白都沒有的大豆，所有對大豆過敏的人都可以放心吃它了。
