卵巢巧克力囊腫一般能治好，但是複發率較高。
卵巢巧克力囊腫是卵巢子宮內膜異位囊腫，屬於子宮內膜異位症的典型病變，是陳舊性血液積聚在囊內形成咖啡色粘稠液體，類似巧克力樣而得名。治療需要根據年齡、症狀輕重、病變程度和對生育的要求選擇治療方案，可有藥物治療及手術治療。
手術是治療卵巢巧克力囊腫的首選方案，包括開腹手術和腹腔鏡手術，目前多采用腹腔鏡手術。手術之後，需要根據醫生的建議去做好日常的保健或應用藥物預防，避免復發巧克力囊腫，這樣才能夠達到治好卵巢巧克力囊腫的目的。
