胰腺癌是消化系統常見的惡性腫瘤，所以在診斷時也容易和消化系統其他疾病相混淆，比如以下4種疾病：
慢性胃部疾病
多數人患有胃病後，會出現腹部疼痛，但多與飲食有關，黃疸少見，利用X線鋇餐檢查可以明確診斷。
膽石症、膽囊炎
出現膽石症或者膽囊炎後，患者多呈現腹部陣發性絞痛，急性發作時常有發熱和白細胞增高症狀，黃疸多在短期內消退或有波動，患者無明顯體重減輕。
急慢性胰腺炎
急性胰腺炎多有暴飲暴食史，病情發作急驟，血白細胞、血尿澱粉酶增高。慢性胰腺炎可出現慢性腫塊和黃疸，這種情況和胰腺癌非常相似，而胰腺深部癌壓迫胰管也可出現慢性炎症，這給診斷帶來一定難度，可在剖腹探查手術中用極細穿刺針作胰腺穿刺活檢，以助鑑別。
壺腹周圍癌
壺腹周圍癌起病驟然，也會有黃疸、消瘦、皮癢、消化道出血癥狀，但是引起的黃疸常呈現波動性，並且腹痛不明顯，常併發膽囊炎，以反覆寒戰、發熱較爲多見。兩者鑑別時比較困難，要結合超聲和CT來提高確診率。另外，壺腹周圍癌較爲少見。
