南板藍根與板藍根因爲二者來源、成分和藥理作用等方面是有區別的。
來源不同：板藍根爲十字花科植物菘藍的乾燥根。南板藍根爲爵牀科植物馬藍的乾燥根。
用量不同：板藍根清熱解毒，涼血利咽。用於溫毒發斑、舌絳紫暗、痄腮、喉痹、爛喉丹痧、丹毒、癰腫等。常用量爲9～15克，水煎服。南板藍根功能與板藍根相似，能清熱解毒，涼血利咽。用於溫毒發斑、風熱感冒、咽喉腫痛、痄腮、丹毒、流行性乙型腦炎、肝炎等。常用量爲10～30克。
藥理作用有區別：板藍根水浸液對金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、枯草桿菌、大腸桿菌、傷寒桿菌、甲型鏈球菌、肺炎雙球菌、流感桿菌、腦膜炎雙球菌均有抑制作用。板藍根注射液對甲型流感病毒、乙型腦炎病毒、腮腺炎病毒、流感病毒有抑制感染及增殖作用，板藍根還具有抗大腸桿菌內毒素的作用。從解熱、抗炎試驗結果比較，板藍根的作用優於南板藍根。目前有關南板藍根的研究資料尚少，所以說，南板藍根與北板藍根是不可以互相替代的。
