会议指出，去年8月份以来，全国已有超过50%的基层医疗卫生机构实施了基本药物制度，实行药品零差率销售，在减轻群众用药负担的同时，基层医疗卫生机构出现了较大收支缺口。
因此，会议提出部署建立同步落实补偿政策，建立稳定的补偿渠道和补偿方式，保证基层医疗卫生机构平稳运行和发展，调动基层医疗卫生机构和医务人员积极性，确保基本药物制度顺利实施。
会议确定，政府举办的乡镇卫生院、城市社区卫生服务机构的运行成本将通过政府补助和服务收费补偿。基本建设和设备购置支出由政府根据规划足额安排，人员经费由政府安排补助。2010年政府按照人均不低于15元的标准落实基本公共卫生服务经费，2011年起进一步提高。医疗服务价格按扣除政府补助后的服务成本制定，医疗服务收费增加部分由医保支付。落实政府补助和调整服务收费后基层医疗卫生机构的经常性收支差额，由政府在年度预算中足额安排。
会议要求，基层医疗卫生机构主要提供基本公共卫生服务和基本医疗服务，其诊疗科目、床位数量、人员和设备配备等要与功能定位相适应。完善人事分配制度，实行以竞聘上岗、合同管理为主要内容的聘用制度和岗位管理制度。推进基本医保门诊统筹和医保付费方式改革。建立基层医疗卫生机构考核激励机制，坚持多劳多得、优绩优酬，保障基层医务人员合理收入水平不降低。
会议还提出，要加大对乡村医生的补助力度，将符合条件的村卫生室的门诊服务纳入新农合报销范围。鼓励各地在房屋建设、设备购置以及人员培训等方面对村卫生室给予一定扶持。
会议还关注到了非政府举办的基层医疗卫生机构，将通过政府购买服务等方式对其承担的公共卫生服务给予补助，并将符合条件的机构纳入医保定点范围，执行与政府办基层医疗卫生机构相同的医保支付和报销政策。
会议要求，各地区、各有关部门要制订具体补偿办法。
