他与第一任妻子咪咪·罗杰丝的婚姻触礁，在遇到这个年轻、名不见经传的澳大利亚女孩的那一瞬间，他决定自己的婚姻应当画上句点了。“我已经与妮可在一起了。”他在请律师递出离婚协议书之前，这样告诉罗杰丝。后来，罗杰丝也向她的朋友们透露，在那之前，她早就厌倦了克鲁斯.克鲁斯和基德曼的第一次约会一点也没有好莱坞明星范儿——他只是带她去看了场电影。基德曼日后回忆说，两人刚开始约会的那段时间，一切只关乎性爱。这与罗杰丝的说法截然相反，似乎，克鲁斯彻底抛弃了自己关于“禁欲”的那番决心。“我第一次见到汤姆时就觉得，他是我这辈子见过最性感的男人。”基德曼曾说，“我当时的反应是，‘哇，这下可危险了！’在此之前，我经历过几段因欲望开始的恋情，但后来都没什么好结果。后来我又想，如果欲望能转化为更深的感情，那实在是很幸运的事。而这正是我俩后来的发展方式。这段恋情好比天雷勾地火。克鲁斯于1990年圣诞夜在科罗拉多迎娶了基德曼，后者的妹妹安东尼娅作为伴娘出席。身高一米七九的妮可透过婚纱低头望着比她矮半个头的新郎，两人就这样交换了对彼此的结婚誓言。“汤姆、妮可，还有他们的家人，每个人眼中都噙满泪水。”一位在场的宾客后来回忆道。
没过多久，这对小夫妻宣布，他们很想要孩子，但基德曼没能受孕。他们反复对媒体否认克鲁斯“不育”的传闻，为此还将几家报纸、杂志告上法庭。克鲁斯的前妻罗杰丝却在此时火上浇油，她宣称两人之所以走到离婚这一步，没有孩子是重要原因。迎娶基德曼之前，克鲁斯曾坚持要求她去做生育能力检查。有媒体分析说，此举是在向媒体表态，告诉大家，他跟罗杰丝没生小孩责任并不在他。不管真相如何，克鲁斯和基德曼在生子无望的情况下，决定收养孩子。1993年，伊莎贝拉加入了这个家庭。克鲁斯是通过山达基教会找到伊拉贝拉的，他得知教会内有一位信徒怀孕了，并希望放弃对这个孩子的抚养权。据说，伊莎贝拉的生母在克鲁斯和教会高层的说服下，在怀孕期间严格遵守山达基教训，其中包括在生产期间严格遵守“安静生产”的规定。
基德曼在婚后不久也加入了山达基教。后来，熟悉两人的友人认为，基德曼与克鲁斯对信仰持不同的态度，这也是导致两人最终分手的重要原因。“汤姆对山达基教的信仰比妮可深得多。”妮可的“闺密”纳奥米·沃茨说，“他是个狂热分子，但妮可并不想变成那样。”后来，基德曼表示，她只是山达基教的“边缘分子”：“山达基教、天主教、犹太教和东方哲学，我都有那么点信仰。我从各种信仰中各取一点。我是个混合体。”“要是汤姆坚持要我成为一名虔诚的山达基教信徒，我是绝不会嫁给他的。那样一来，就变成了他强迫我做我不愿意做的事。我们都允许对方做真实的自己。”基德曼说。
