或许很多人不知道巩俐和张艺谋还合作过一部电影，而这部电影不是以导演和主演的身份进行，而是第一次以男女主角身份合作，那就是《古今大战秦俑情》。《古今大战秦俑情》是作家李碧华的代表作，1989年由程小东导演，张艺谋、巩俐主演的电影《古今大战秦俑情》可谓是穿越时空玄幻片的开山鼻祖，为穿越大戏画出浓墨重彩的一笔，播出曾引起巨大轰动。巩俐随后主演了和张艺谋合作的第三部电影《代号美洲豹》，凭借后者获得百花奖最佳女配角，由于题材本身限制和影响，反响平平，然而虽然这两部电影反响一般，但巩俐已经走上了探索表演技巧与风格的新阶段。巩俐与张艺谋继续合作，主演其第四部电影《菊豆》，影片获得第43届戛纳国际电影节特别奖，同时成为首部提名奥斯卡最佳外语片的中国影片。相比前几部电影，巩俐在《菊豆》中的表演被评论界赞誉已经有了质的飞跃，最终获得了保加利亚瓦尔纳市国际电影节最佳女演员。
1991年，巩俐主演了张艺谋集大成之作《大红灯笼高高挂》，影片在全世界范围内收获巨大的声誉，摘得第48届威尼斯国际电影节银狮奖，巩俐第一次错失威尼斯影后，张艺谋连续第二年提名奥斯卡最佳外语片，并获得意大利电影大卫奖和英国电影学院奖最佳外语片以及北美多个影评人协会最佳外语片，该片成为张巩在海外最具知名度的作品之一。演员芮妮?齐薇格曾因本片评价“巩俐是那种不需要字幕翻译你都知道她在演什么的演员”。凭着《大红灯笼高高挂》的颂莲，巩俐获得第16届大众电影百花奖最佳女主角，同时提名意大利电影大卫奖最佳女主角和美国国家影评人协会奖最佳女主角。
巩俐是唯一一位主演电影荣获欧洲三大国际电影节最高奖项大满贯的华人演员，《红高梁》《秋菊打官司》《霸王别姬》三部电影分别荣获：1988年第38届柏林电影节“金熊奖”；1992年第49届威尼斯电影节“金狮奖”；1993年第43届戛纳电影节“金棕榈奖” （在世界范围内除了巩俐外仅有意大利国宝男星马塞洛?马斯楚安尼完成了这个大满贯）。巩俐也保持着电影作品入围欧洲三大电影节主竞赛单元次数最多的华人演员记录，共计11次: 1991年巩俐主演的《菊豆》提名了奥斯卡最佳外语片，这是华语电影第一次提名奥斯卡最佳外语片奖项；次年《大红灯笼高高挂》再度提名奥斯卡最佳外语片，是当年的夺奖大热；1994年巩俐主演陈凯歌电影《霸王别姬》三度入围奥斯卡最佳外语片。主演影片四年三次入围奥斯卡是巩俐保持的一项国内纪录。巩俐也是主演作品入围奥斯卡最多的华人演员，分别为《菊豆》《大红灯笼高高挂》《摇呀摇，摇到外婆桥》《满城尽带黄金甲》《霸王别姬》《艺妓回忆录》。
