地球上出现了一个极其神秘的恐怖组织，它的名字叫“眼镜蛇”，而让“眼镜蛇”闻名全球的原因，则是源自其对埃菲尔铁塔的一次恐怖行动，在“眼镜蛇”的恐怖轰炸之下，这座法国的标志性建筑物从低到上开始被虫啃食，一会后被杜克阻止，可还是面临着倒塌的命运。很显然，“眼镜蛇”的这次行动只是一个开始，它向全世界宣告“眼镜蛇”的成立，而他们的目的则隐藏得更深，许多国家开始感到不安，因为他们不知道什么时候“眼镜蛇”的恐怖行径就会落到自己的国家当中，世界陷入了恐慌状态。眼镜蛇这群恐怖分子又一次又有了新的目标，在控制住了所有国家的元首之后，他们终于开始要向美国总统动手了——他们的目标就是控制全世界。而特种部队这边则因为出现了叛徒而忙乱不已。因为上一次的交手，谁也没有赢，所以特种部队和眼镜蛇两方面都在寻找下一次袭击对方的机会。只是，这次的战斗对于特种部队来说更是难上加难。因为他们不仅仅要对付眼镜蛇这一伙人，还有自己的叛徒。除此之外，全世界被控制住的政要都开始反对特种部队了。
北约对此也感到极其棘手，就在这个时候，总部设在布鲁塞尔的一支秘密行动小组就开始发挥了他的威力。这支名为G.I. JOE的特种部队由霍克将军担任领头羊，手下高手云集，副指挥官是公爵（查宁·塔图姆饰），参加过越南的他曾经与霍克一起多次出生入死；红发女是一个武术高手，她的身手可不比男人差；除此之外还有专职执行高空任务的开伞索、会七国语言的通讯员“断路器”、军火专家“重载”、沉默寡言的“蛇眼”等12名成员。他们开始了追查行动，很快查明了“眼镜蛇”的的阴谋，而他们首先要解决掉的是给“眼镜蛇”提供军火支持的战争狂人的迪斯特罗。
而“眼镜蛇”组织里也有着不少心狠手辣的铁腕人物，例如外表性感漂亮，心肠却狠毒如蛇蝎的“男爵夫人”就是当中的代表人物。除此之外，还有与蛇眼是兄弟的白幽灵（李秉宪 饰）。“拦路虎”（道恩·强森饰）和创始人乔·科尔顿（布鲁斯·威利斯饰）分别带领受到突袭的特种部队残阵与“眼镜蛇”展开殊死较量。G.J. JOE为阻止“眼镜蛇”的阴谋而与其展开大战，随着两方战斗的白热化，原本一直深藏不露的一位“眼镜蛇”重要成员也逐渐显露出真身，他的真实身份会令G.J. JOE的成员大吃一惊。
