肛瘘到底是什么原因引起的呢？现代医学认为，肛瘘的病因主要是细菌感染。细菌以大肠杆菌、结核杆菌、变形杆菌为主。细菌侵犯的部位是肛隐窝、肛门腺导管和肛门腺体。肛门腺感染、化脓，形成肛周脓肿，自然破溃，或经手术切开排脓后．脓肿壁由结缔组织和肉芽组织增生、缩窄成管状，外口缩小，内口继续感染，不能自愈，即成肛瘘。脓肿破溃或切开引流后，常不能治愈。常见以下原因：
1.内口的存在：脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源，肛窦炎或肛腺感染仍可继续存在，肠腔内容物也可从内口继续进入瘘管。
2．肛门部不能静养。脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
3．肠腔中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管，刺激管壁，使管壁结缔组织增生变厚，管腔难以闭合。
4．脓腔引流不畅，或外口缩小，时闭时溃．脓液蓄积腔内，导致脓肿再发，并穿破而形成新的支管或窦道。
5．管道多在不同高度穿插过肛门括约肌。括约肌收缩阻碍脓液排出，以致引流不畅。除此之外，结核、克隆氏病、溃疡性结肠炎、肛管或者肠癌和腹股沟淋巴肉芽肿等，也是形成肛瘘的病因。
目前多按肛管与括约肌的关系将肛瘘分为4类：
1.括约肌间肛瘘 多为低位肛瘘，最常见，约占70%，为肛管周围脓肿的后果。瘘管只穿过内括约肌，外口常只有一个，距肛缘较近，约3～5cm。少数瘘管向上，在直肠环肌和纵肌之间形成盲端或穿入直肠形成高位括约肌间瘘。
2.经括约肌肛瘘 可以为低位或高位肛瘘，约占25%，为坐骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过内括约肌、外括约肌浅部和深部之间，外口常有数个，并有支管互相沟通。外口距肛缘较近，约5cm左右，少数瘘管向上穿过肛提肌到直肠旁结缔组织内，形成骨盆直肠瘘。
3.括约肌上肛瘘 为高位肛瘘，少见，占5%。瘘管向上穿过肛提肌，然后向下至坐骨直肠窝穿透皮肤。由于瘘管常累及肛管直肠环，故治疗较困难，常需分期手术。
4.括约肌外肛瘘 最少见，占1%，为骨盆直肠脓肿合并坐骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过肛提肌直接与直肠相通。这种肛瘘常由于克隆病、肠癌或外伤所致，治疗要注意其原发病灶。以上分类在高低位方面较细致，有利于手术方法的选择。
如肛管左右侧均有外口，应考虑为“蹄铁型”肛瘘。这是一种特殊型的贯通括约肌肛瘘，也是一种高位弯型肛瘘，瘘管围绕肛管，由一侧坐骨直肠窝通到对侧，成为半环型，如蹄铁状故名。在齿线附近有一内口，而外口数目可多个，分散在肛门左右两侧，其中有许多支管，向周围蔓延。蹄铁型肛瘘又分为前蹄铁型和后蹄铁型两种。后者多见，因肛管后部组织比前部疏松，感染容易蔓延。
