如果得了兒童遺糞症，可以通過藥物治療。如果患兒伴有情緒焦慮、抑鬱者可以啊應用丙米嗪、氟西汀等抗抑鬱抗焦慮的藥物治療，應用三環類抗抑鬱藥師，要特別注意對其心臟的不良反應，需要在醫生指導下用藥。
除了藥物治療，平時還應當積極的給予護理。如果患兒出現不自主排便時，不能斥責，應當加以安慰，使其精神放鬆。通過正面強化引導、幫助患兒恢復正常排便的習慣。還可以通過其他的治療，比如鍼灸療法、選用鍼灸、電針以及埋線治療，也有一定的效果。
