早期無嚥下困難時，應與食管炎、食管憩室和食管靜脈曲張相鑑別。已有嚥下困難時，應與食管良性腫瘤、賁門失弛症和食管良性狹窄相鑑別。鑑別診斷方法主要依靠吞鋇X線食管攝片和纖維食管鏡檢查。
1、口腔疾病：如各種原因所致的口咽炎或口咽損傷、扁桃體周圍膿腫或咽後壁膿腫等也可能會出現吞嚥困難。
2、食管內異物：常見異物有骨塊、硬幣、果核、假牙等，可停留於食管任何部位，而以頸部食管爲多。主要症狀爲不同程度的吞嚥困難和吞嚥時疼痛，嚴重者不能進食，輕症者可進半流質，有時可伴呼吸困難，尤以兒童易發生，常有唾液增多。異物在胸部食管時則無此現象，有助於區別異物所在部位。
3、返流性食管炎：吞嚥困難在疾病早期系間歇性，可伴有嘔吐，晚期則轉爲持續性並伴有嘔吐。進食或體位改變時自覺胃部或胸骨後疼痛和灼熱感，亦可伴有噯酸或嘔血。
4、食管賁門失弛緩症：這種疾病引起的吞嚥困難多爲間歇性發作，如有時單獨進餐可無症狀，情緒緊張則常加重；有時還因過冷、辛辣等刺激性食物而誘發。若干年後可漸呈持續性。常伴有食物返流或嘔吐。
5、瀰漫性食管痙攣：老年人多見，病因不明。吞嚥困難往往呈短暫的間歇性發作，常伴有胸骨後疼痛，可在餐間、睡眠中突然出現，有時則在行動中遇冷風而誘發。嚴重者須與心絞痛鑑別。
6、食管憩室：初期可無症狀或僅有輕微症狀，逐漸出現輕度吞嚥困難，想咳嗽或咽喉部有異物感，咽喉部所排出稠厚粘液中可含唾液，後期吞嚥困難明顯，出現因體位變動而易於下嚥現象。有時下嚥流質困難，而固體食物則較易。吞嚥時可伴胸骨後疼痛和不適，食物返嘔，如嘔出物含有前餐食物，有的病例能於某種體位使憩室排空，應考慮本病可能。
7、食管良性狹窄：先天性狹窄常位於食管中段，輕者可無症狀，重者於出生後數天至數週即有吞嚥困難與嘔吐。後天性常見於返流性食管炎的後期或因腐蝕劑、炎症或潰瘍、外傷、手術或異物等所天致，主要症狀爲進行性吞嚥困難，持續數週或數月，飲食自固體逐漸改爲半流質或流質，由於後天性食管狹窄可惡變，應重視與食管癌鑑別。
99熱心醫生溫馨提醒：疾病的鑑別工作是非常重要的，特別是癌症這樣特殊的疾病，一旦誤診的後果是非常嚴重的。
