因爲元朝與四大汗國之間是同宗同屬的關係，可以說四大汗國屬於元朝的勢力，它們的前身都是蒙古帝國，因此幾個國家之間並沒有太大的矛盾。四大汗國的矛盾主要集中在國家內部，與元朝之間並沒有多大的勢力糾紛與糾葛。元朝已經不醉心於對外擴張了，其最主要的任務就是處理好國家內部中原與蒙古民族之間的關係。最終統治者選擇蒙漢異治的方式解決水土不服的問題。
一、四大汗國統治者是忽必烈的兄弟
大蒙古帝國疆域廣闊，並且有很強的勢力。忽必烈繼承了成吉思汗的衣鉢之後，成功奪得了汗位，於是他的幾個在競選中落敗的兄弟分走了蒙古帝國的一部分，建立了四大汗國。因此，四大汗國的統治者與忽必烈之間有着血緣關係，這幾個國家與元朝同屬於大汗帝國，同宗同屬，算是一脈相承。
因此特別是早期，四大汗國與元朝至今保持着非常和睦的關係，並沒有多大的矛盾鬥爭。再加上元朝合併了中原，勢力極爲強勁，因此四大汗國不去招惹元朝。與元朝的相安無事相比，四大汗國內部的矛盾則更要尖銳一些。據統計四大汗國自成立之後，相互之間發動過多場戰爭，不斷進行勢力劃分。
二、元朝拉攏四大汗國
雖然在糾葛中，蒙古帝國的總領土面積沒有變化，但是分屬的四個國家的邊界線卻有着細微的變化。元朝被漢化，其政權變動趨於穩定，但四大汗國仍然保留了原蒙古帝國的傳統，在爭奪汗位上異常兇猛。因此，各國矛盾不斷，波譎雲詭，變化多端。
元朝不僅沒有滅掉四大汗國的想法，在對外擴張時還試圖拉攏四大汗國與其一同發動侵略戰爭，反而是合作的關係。後期的元朝政權岌岌可危，與明朝之間的爭鬥使得他們明顯力不從心。四大汗國在此時卻沒有表示幫助，一方面是由於四大汗國與元朝相對獨立，另一方面則是因爲明朝勢力強勁，四大汗國選擇明哲保身，而不是盲目出擊。
