陰莖的大小和男人基因有關，如果，男人出現陰莖短小的情況，首先就要檢查一下腦垂體，看看性激素是否分泌異常，因爲，百分之八十的陰莖短小，都是因爲性激素分泌過少所致!
1、遺傳因素。陰莖與身體其它器官一樣，其大小及形態特點要受遺傳基因的控制與影響。
2、發育與營養狀況。一般來說，成年男性體格健壯，身材高大，其外生殖器包括陰莖、陰囊的發育也較好，陰莖可能較爲粗大，反之則可能小一些，但是值得指出的是，陰莖的大小不會與身高成正比例，常可以見到一些身高不足1.60米的男性，其陰莖勃起時可以達到18釐米以上。
3、肥胖。一些小腹部、恥骨聯合部、會陰部脂肪豐滿突出的男性，往往陰莖的發育欠佳，比起正常男性的陰莖會相對短小。的確，與肥大的身體相比，這種短小的陰莖在婚後可能會給性生活帶來一定的困難和不理想。
4、其它方面。如內分泌紊亂，男性激素水平不足，陰睾或陰囊腫脹產生的陰莖回縮等，都可能造成陰莖短小。
如何自我判斷小陰莖
陰莖的長度是指用手提陰莖頭儘量拉直，即相當於陰莖充分勃起時從陰莖頂到恥骨聯合的距離。成人一般以陰莖鬆弛長度不足3cm爲小陰莖。
1、新生兒小陰莖多在lcm以下，甚至有不足0.5cm者，青春期或成年期均短於5cm，橫徑亦小。陰莖外觀大致正常，尿道正常並開口於陰莖頭部。
2、陰莖勃起無力或不能勃起，絕大部分不能性交。
3、睾丸、陰囊及前列腺發育不全。
4、第二性徵不發育，如無鬍鬚、腋毛及陰毛稀少，無喉結，部分病人有乳房增生。
5、嚴重的小陰莖可出現排尿困難。對小陰莖者需行系統的內分泌檢查包括絨毛膜促性腺激素刺激試驗，以檢測有無腦垂體或睾丸功能不良，放射免疫法測定性激素顯示血漿睾酮(T)及雌二醇(E2)濃度均低，E2及T均高。睾丸活組織病理檢查表現爲生精小管上皮發育不良，基底部玻璃樣變或纖維化，無成熟的精細胞。檢查染色體核型以除外性別異常。特發性小陰莖內分泌檢查正常。
6、對嚴重的出現排尿困難的患兒，應儘早施行尿道整形術以解決排尿。內分泌治療是小陰莖的主要療法，因爲小陰莖的主要病因是雄性激素缺乏。所以合理地使用雄性激素可以得到較好的效果，而且年齡愈小治療效果愈好。藥物劑量應根據其年齡對藥物的敏感程度而不同。一般丙酸睾丸酮1～2mg/kg，每週1～2次，3個月爲一療程。治療過程中可測定血漿和尿中睾丸酮含量以調整藥量。用藥期間陰莖可有明顯增長，但停藥後仍可縮小，然而長期大量使用雄激素可使患兒性早熟和骨骺早期癒合。(參考網站：尋醫問藥)
