2004年，這是最壞的年代。陳永仁(梁朝偉飾)被殺後兩年，劉建明(劉德華飾)被警隊內部調查，架空職權，被派無關重要的庶務工作。與妻子MARY的婚姻破裂，連與一歲女兒見面的機會也沒有。身心俱疲的劉建明，每日的生活雖像走向地獄一樣，但他相信堅持就會扭轉局面！這時，警隊內，一顆明日之星正在崛起，年輕警司楊錦榮(黎明飾)憑着一頁頁豐功偉績，以不到四十之齡，正邁向警隊最高層；劉建明看在眼裏，好像看見以前的自己……一次機緣，劉建明與楊錦榮結爲好友，卻發現楊錦榮神祕的一面，種種證據顯示，推測楊錦榮可能和自己一樣，都是黑幫派入警隊的臥底！決定重新做人的劉建明決暗中追查楊錦榮身世之謎，千辛萬苦找到一個又一個證據，可是每次最接近真相的時候，總是功虧一簣，還引來警隊高層對劉建明的極度不滿。一次又一次打擊，漸漸，劉建明覺得楊錦榮根本毫無可疑，漸漸開始懷疑自己……
2001年，這是最好的年代。陳永仁跟隨韓琛(曾志偉飾)已有兩年時間，可是韓琛根本從來不會輕易相信任何人，只派一些雞毛算蒜皮的工作給他。爲了得到信任，陳永仁不惜以身試法，一次又一次犯上違背自己的罪行。上司黃志誠(黃秋生飾)發覺他已漸失控，千方百計要拉陳永仁出局，兩人之間勢成水火。陳永仁也漸漸迷失了自己，直至遇上Dr. Lee李心兒(陳慧琳飾)。因爲一次嚴重的暴力罪行，陳永仁被判進行心理輔導，本來陳永仁根本不想理會法庭的判決，但禁不住負責這個案子的李心兒苦苦相纏，陳永仁終被說服，接受治療。在催眠治療期間，陳永仁夢中泄露了真正身份，李心兒半信半疑間，對陳永仁發生了興趣。一個清醒的女人，和一個沉睡的男人之間，微妙感情油然而生。韓琛又派下一個任務，陳永仁知這是最後一個機會，爲了得到韓琛最終的信任，陳永仁決定背叛黃SIR，大開殺戒……劉建明走向地獄，陳永仁走向天堂！兩個警察都想重新做人，最後結局，將會爲無間年代劃上句號。
《無間道3：終極無間》講述了一個普通而又精彩的正義戰勝邪惡的故事，在這個背景上，編劇根據自己的想象，勾勒出一幅生動的風情畫，表現出一個消逝的、令人傷感的英雄世界。影片中導演劉偉強嫺熟、巧妙地運用了大量閃回境頭，以人物思緒的變化作爲事件的銜接點，時空交錯表現得自然、流暢，不顯絲毫斧鑿痕跡，很多場面給人留下了難忘的印象，顯示出劉偉強等導演過人的藝術功力。該片攝影和音樂的出色運用構成了劉偉強的銀幕世界，特別是影片用旋律表現幽怨的主題方面，導演劉偉強充分展現了自己的功力。片中劉建明不斷回憶起被陳永仁質問的場面，音樂烘托的運用淋漓盡致地表現了劉建明失落的心境，令觀者爲之神傷
