1、化學因素：化學物品以苯及其衍生物、有機磷農藥多見，常見引發此病的藥和有氯(合)黴素、解熱鎮痛劑及磺胺類藥物、四環素類、抗腫瘤藥物、抗結核藥(如異煙肼)、 吸蟲藥 、抗甲狀腺藥(如他巴唑、甲基硫脲嘧啶)等。
2、物理因素：主要是各種電離輻射，如X線、放射性同位素、γ射線等。接受放射線治療或過於頻繁的診斷性照射，患再障的危險度爲對照組的10倍。
3、生物因素：與再障發病關係密切的是病毒感染。最常見的是肝炎病毒，肝炎引起再障的機理，是由於肝炎病毒對骨髓造血幹細胞直接毒害作用的結果;從胚胎發生學角度看，肝與骨髓均屬於單核-巨噬細胞系統，此種抑制因子與肝-骨髓可能有交叉作用。
4、其他因素 長期未經治療的各種貧血、慢性腎功能衰竭、垂體前葉及甲狀腺機能減退症、免疫因素、遺傳因素均能引起再障，部分陣發性睡眠性血紅蛋白尿症(PNH)也可轉化爲再障，稱“AA-PNH綜合徵”。關於發病機理，至今尚無滿意的解釋，一般形象地歸納爲種子(造血幹細胞)、土壤(造血微環境)和蟲子(免疫異常)三者的相互影響。
發病機制是錯綜複雜的，有些患者由於幹細胞缺陷，有些患者由於造血微環境的損傷，有些患者則由於血中有抑制因子或細胞的抑制作用。再障是一組多種病變，它們的性質不同，治療的方法、產生的療效也有差異。
