跟骨骨刺引起行走疼痛的基本原因，是因骨刺对足部软组织长期的慢性刺激，使受刺激的局部产生慢性无菌性炎症。无菌性炎症及其代谢产物刺激了足部组织的神经末梢，从而出现疼痛及不适感。
如人在行走时，骨刺必然与周围肌肉、腱膜等软组织产生摩擦等，造成不同程度的组织损伤。这些损伤包括局部出血、水肿、渗出、组织纤维化、炎性细胞（如淋巴细胞）浸润、代谢产物在局部组织中堆积等，这些损伤及反应都会刺激感觉神经，使人有疼痛感。
此外，行走时骨刺对足底部皮肤和软组织的压迫，以及跟骨内血液淤积及压力增高等，也是产生疼痛的原因。
