中医认为，冬虫夏草并不是包治百病的灵丹妙药，只适用于肺虚、肾虚或肺肾两虚引起的各种病证，临床应用主要有3个方面(药物的用法及剂量请咨询中医师)：
首先，取冬虫夏草补肾助阳、益精起痿之功，用于肾虚精亏导致的腰膝酸痛、软弱无力、梦遗滑精、、健忘及神思恍惚等。方法是单用冬虫夏草泡酒服，或与杜仲、川断、枸杞子、鹿角胶、龟甲胶等补精血、壮阳气、强筋健骨之品配合使用，以增强药效。
其次，取冬虫夏草补肾益肺、止血化痰之功，用于肺虚或肺肾两虚导致的虚喘久咳，或劳嗽咳痰血不已。
病情轻者单用冬虫夏草研末服，病情较重者常与其他补益肺肾之品同用。如肺肾气虚，久咳不愈，咳声低微，或咳而伴喘，喘时呼多吸少，动则加重，以及食少气短、神倦乏力等者，当配蛤蚧、人参、胡桃肉等益气补肾、纳气定喘之品；
如肺肾阴虚，久咳无痰，或痰少质黏并带血丝，咽干口燥，手足心热，舌红少苔者，宜与麦冬、阿胶、百合、川贝等养阴清肺止血化痰药合用。
第三，取冬虫夏草补肾而固本、补肺而固表之功，用于病后或年老体虚，或自汗畏寒，或盗汗潮热(阵阵发热)等。
