在不育夫婦中，特別是那些所謂不明原因的不育夫婦中，男性精液中衣原體和支原體等病原體存在的比例遠遠高於正常人，因此可以認為這些病原體是導致不育的因素之一。非淋菌性尿道炎一般通過下面這些途徑影響男性的生育能力：
１．因尿道炎導致尿道狹窄和射精功能障礙。尿道感染可以直接影響尿道的上皮，在感染的區域性形成疤痕。這種情況嚴重時可造成尿道狹窄，造成排尿困難，同時也可以造成射精的障礙。
２．尿道鄰近器官的感染。如附睪炎，可造成梗阻，使得精子不能運送出睪丸。如前列腺炎，精液裡面就可能有大量白細胞，這將導致不育。
３．誘發產生抗精子抗體。衣原體和支原體等可誘導人體產生抗體，而這些抗體可能會誘導人自身產生抗精子抗體，從而造成不育。
４．對精子的直接作用。支原體是一種很微小的生物，可以吸附在精子中部，影響精子的活力。
由此可見，男性非淋菌性尿道炎是可能影響男性生育能力而造成男性不育的。因此，首先應該潔身自好，杜絕不潔性生活。如果發現有相應的症狀，應立即到醫院進行有針對性的治療，是可以治癒的。
