雞尾酒療法有幾個缺點：
1.費用高，一般的人難負擔的起。
2.副作用大，好的藥物有很強的副作用，有些病人耐受不了，有的病人能肯死也不繼續治療
3.容易產生耐藥，HIV病毒的最大特點是變異快，理論上1天體內的HIV病毒就可完全變異，這種高速變異一是使得HIV能快速適應新的機體的免疫系統，二是能夠快速產生耐藥。
現在對HIV疫苗的研究也有兩個方向：一是治療性疫苗，可以抑制HIV在感染者體內複製，達到長期抑制病毒和減緩疾病進展的作用，但是有的專家說，如果現在誰能拿出具有50％保護作用的治療性的疫苗，FDA就會立刻給他批號，到現在為止還沒有人做到。二是預防性疫苗，就像牛痘預防天花那樣的疫苗，這種疫苗一般是靠產生抗體，現在的研究很不樂觀，有些疫苗在猴子實驗的時候具有很好的保護作用，但移到人生上就失去保護作用了，令人頭痛。
