9月10日晚，據中國機構編制網，國家衛生健康委員會職能配置、內設機構和人員編制規定，即“三定”方案正式公佈。
規定指出，國家衛生健康委員會是國務院組成部門，爲正部級，下設內設機構21個，分別爲：辦公廳、人事司、規劃發展與信息化司、財務司、法規司、體制改革司、疾病預防控制局、醫政醫管局、基層衛生健康司、衛生應急辦公室（突發公共衛生事件應急指揮中心）、科技教育司、綜合監督局、藥物政策與基本藥物制度司、食品安全標準與監測評估司、老齡健康司、婦幼健康司、職業健康司、人口監測與家庭發展司、宣傳司、國際合作司（港澳臺辦公室）、保健局。
記者注意到，原內設機構計劃生育基層指導司、計劃生育家庭發展司、流動人口計劃生育服務管理司三個與計劃生育相關的內設機構，均已被撤銷，轉而變成新的人口監測與家庭發展司；此外，老齡健康司、職業健康司、保健局爲新設內設機構。
根據規定，國家衛生健康委員會機關行政編制525名（含兩委人員編制10名、援派機動編制4名、離退休幹部工作人員編制29名）。設主任1名，副主任4名，司局級領導職數88名（含機關黨委專職副書記1名、衛生健康監察專員10名、離退休幹部局領導職數2名）。
按照規定，國家衛健委的主要職責是：
（一）組織擬訂國民健康政策，擬訂衛生健康事業發展法律法規草案、政策、規劃，制定部門規章和標準並組織實施。統籌規劃衛生健康資源配置，指導區域衛生健康規劃的編制和實施。制定並組織實施推進衛生健康基本公共服務均等化、普惠化、便捷化和公共資源向基層延伸等政策措施。
（二）協調推進深化醫藥衛生體制改革，研究提出深化醫藥衛生體制改革重大方針、政策、措施的建議。組織深化公立醫院綜合改革，推進管辦分離，健全現代醫院管理制度，制定並組織實施推動衛生健康公共服務提供主體多元化、提供方式多樣化的政策措施，提出醫療服務和藥品價格政策的建議。
（三）制定並組織落實疾病預防控制規劃、國家免疫規劃以及嚴重危害人民健康公共衛生問題的干預措施，制定檢疫傳染病和監測傳染病目錄。負責衛生應急工作，組織指導突發公共衛生事件的預防控制和各類突發公共事件的醫療衛生救援。
（四）組織擬訂並協調落實應對人口老齡化政策措施，負責推進老年健康服務體系建設和醫養結合工作。
（五）組織制定國家藥物政策和國家基本藥物制度，開展藥品使用監測、臨牀綜合評價和短缺藥品預警，提出國家基本藥物價格政策的建議，參與制定國家藥典。組織開展食品安全風險監測評估，依法制定並公佈食品安全標準。
（六）負責職責範圍內的職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生、公共場所衛生、飲用水衛生等公共衛生的監督管理，負責傳染病防治監督，健全衛生健康綜合監督體系。牽頭《菸草控制框架公約》履約工作。
（七）制定醫療機構、醫療服務行業管理辦法並監督實施，建立醫療服務評價和監督管理體系。會同有關部門制定並實施衛生健康專業技術人員資格標準。制定並組織實施醫療服務規範、標準和衛生健康專業技術人員執業規則、服務規範。
（八）負責計劃生育管理和服務工作，開展人口監測預警，研究提出人口與家庭發展相關政策建議，完善計劃生育政策。
（九）指導地方衛生健康工作，指導基層醫療衛生、婦幼健康服務體系和全科醫生隊伍建設。推進衛生健康科技創新發展。
（十）負責中央保健對象的醫療保健工作，負責黨和國家重要會議與重大活動的醫療衛生保障工作。
（十一）管理國家中醫藥管理局，代管中國老齡協會，指導中國計劃生育協會的業務工作。
（十二）完成黨中央、國務院交辦的其他任務。
（十三）職能轉變。國家衛生健康委員會應當牢固樹立大衛生、大健康理念，推動實施健康中國戰略，以改革創新爲動力，以促健康、轉模式、強基層、重保障爲着力點，把以治病爲中心轉變到以人民健康爲中心，爲人民羣衆提供全方位全週期健康服務。一是更加註重預防爲主和健康促進，加強預防控制重大疾病工作，積極應對人口老齡化，健全健康服務體系。二是更加註重工作重心下移和資源下沉，推進衛生健康公共資源向基層延伸、向農村覆蓋、向邊遠地區和生活困難羣衆傾斜。三是更加註重提高服務質量和水平，推進衛生健康基本公共服務均等化、普惠化、便捷化。四是協調推進深化醫藥衛生體制改革，加大公立醫院改革力度，推進管辦分離，推動衛生健康公共服務提供主體多元化、提供方式多樣化。
（十四）有關職責分工。
1.與國家發展和改革委員會的有關職責分工。國家衛生健康委員會負責開展人口監測預警工作，擬訂生育政策，研究提出與生育相關的人口數量、素質、結構、分佈方面的政策建議，促進生育政策和相關經濟社會政策配套銜接，參與制定人口發展規劃和政策，落實國家人口發展規劃中的有關任務。國家發展和改革委員會負責組織監測和評估人口變動情況及趨勢影響，建立人口預測預報制度，開展重大決策人口影響評估，完善重大人口政策諮詢機制，研究提出國家人口發展戰略，擬訂人口發展規劃和人口政策，研究提出人口與經濟、社會、資源、環境協調可持續發展，以及統籌促進人口長期均衡發展的政策建議。
2.與民政部的有關職責分工。國家衛生健康委員會負責擬訂應對人口老齡化、醫養結合政策措施，綜合協調、督促指導、組織推進老齡事業發展，承擔老年疾病防治、老年人醫療照護、老年人心理健康與關懷服務等老年健康工作。民政部負責統籌推進、督促指導、監督管理養老服務工作，擬訂養老服務體系建設規劃、法規、政策、標準並組織實施，承擔老年人福利和特殊困難老年人救助工作。
3.與海關總署的有關職責分工。國家衛生健康委員會負責傳染病總體防治和突發公共衛生事件應急工作，編制國境衛生檢疫監測傳染病目錄。國家衛生健康委員會與海關總署建立健全應對口岸傳染病疫情和公共衛生事件合作機制、傳染病疫情和公共衛生事件通報交流機制、口岸輸入性疫情通報和協作處理機制。
4.與國家市場監督管理總局的有關職責分工。國家衛生健康委員會負責食品安全風險評估工作，會同國家市場監督管理總局等部門制定、實施食品安全風險監測計劃。國家衛生健康委員會對通過食品安全風險監測或者接到舉報發現食品可能存在安全隱患的，應當立即組織進行檢驗和食品安全風險評估，並及時向國家市場監督管理總局等部門通報食品安全風險評估結果，對得出不安全結論的食品，國家市場監督管理總局等部門應當立即採取措施。國家市場監督管理總局等部門在監督管理工作中發現需要進行食品安全風險評估的，應當及時向國家衛生健康委員會提出建議。
5.與國家醫療保障局的有關職責分工。國家衛生健康委員會、國家醫療保障局等部門在醫療、醫保、醫藥等方面加強制度、政策銜接，建立溝通協商機制，協同推進改革，提高醫療資源使用效率和醫療保障水平。
6.與國家藥品監督管理局的有關職責分工。國家藥品監督管理局會同國家衛生健康委員會組織國家藥典委員會並制定國家藥典，建立重大藥品不良反應和醫療器械不良事件相互通報機制和聯合處置機制。
