人社部、發改委、財政部、衛計委聯合印發的《關於做好進城落戶農民參加基本醫療保險和關係轉移接續工作的辦法》明確，進城落戶農民可根據自身實際參加相應的城鎮基本醫療保險。在城鎮單位就業並有穩定勞動關係的，按規定隨所在單位參加職工基本醫療保險；以非全日制、臨時性工作等靈活形式就業的，可以靈活就業人員身份按規定參加就業地職工醫保，也可以選擇參加戶籍所在地城鎮（城鄉）居民基本醫療保險。
《辦法》同時要求“妥善處理醫保關係轉移接續中的有關權益”。進城落戶農民在農村參加新農合等基本醫療保險的參保繳費和權益享受信息等連續記入新參保地業務檔案，保證參保記錄的完整性和連續性。流動就業人員參加職工醫保的繳費年限各地互認，參保人在轉出地職工醫保記錄的繳費年限累計計入轉入地職工醫保繳費年限記錄。
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基本醫療保險制度由三部分組成，即職工基本醫療保險制度、新型農村合作醫療制度和城鎮居民基本醫療保險制度。這裏說的“農村醫保”主要指的是新農合，是由政府組織、引導、支持，農民自願參加，個人、集體和政府多方籌資，以大病統籌爲主的農民醫療互助共濟制度。農民以家庭爲單位自願參加新型農村合作醫療，按時足額繳納合作醫療經費。
而“城鎮醫保”主要包括兩種：一是城鎮居民醫保，二是城鎮職工醫保。
據瞭解，城鎮中不屬於城鎮職工基本醫療保險制度覆蓋範圍的中小學階段的學生（包括職業高中、中專、技校學生）、少年兒童和其他非從業城鎮居民都可自願參加城鎮居民基本醫療保險。城鎮居民基本醫療保險實行個人繳費和政府補貼相結合的籌資方式，以個人繳費爲主，政府給予適當補貼。對於享受最低生活保障或重度殘疾的未成年人蔘保所需的個人繳費部分，由政府給予補貼。
城鎮所有用人單位及其職工都要參加基本醫療保險，包括企業、機關、事業單位、社會團體、民辦非企業單位及其職工。基本醫療保險費由用人單位和職工雙方共同負擔，用人單位繳費比例控制在職工工資總額的6%左右，職工繳費比例一般爲本人工資收入的2%。在大連，單位爲7%，個人爲2%。職工個人繳納的基本醫療保險費，全部計入個人賬戶；用人單位繳納的基本醫療保險費分爲兩部分，一部分用於建立統籌基金，一部分劃入個人賬戶。無僱工的個體工商戶、未在用人單位參加職工基本醫療保險的非全日制從業人員以及其他靈活就業人員根據自願原則，可以參加職工基本醫療保險的，由其個人繳納基本醫療保險費。
綜合來說，居民醫保和新農合的平均繳費數額、政府補貼相差不大，但兩種保險在住院報銷、門診買藥、門診大病的報銷範圍和比例上，都有很大差別，尤其是大病醫療救助，職工醫保和居民醫保範圍很大，但新農合相比範圍較小。
