中醫認爲，卵巢囊腫的發生與臟腑虛弱、氣血勞損、七情太過、風冷寒溼等因素有關，治療應以疏肝理氣、扶正因本、活血化瘀、軟堅散結、清熱解毒爲原則，從根本調理氣血，活躍肝脾之臟腑，全面改善內分泌系統，進而達到治療卵巢囊腫的目的。
中藥方劑：海藻、白芥子、三棱、苡仁、桃仁、夏枯草、南星、赤芍，具體的藥量要根據患者的病情及身體狀況而定，並在醫生指導下使用。
用法：將上述中藥洗淨後放入鍋中加水煎煮，待藥液剩600毫升時即可關火，每次服用300毫升，每日分2次服用，10天爲1個療程，患者在服藥1個-2個療程後需做一次B超檢查，如囊腫有縮小趨勢，可繼續服藥直至其徹底消失，如用藥3個療程囊腫仍繼續增大，則視爲無效，可根據CT檢查結果以明確下一步治療方法。
另外，如患者身體偏虛寒，可在方劑中加入肉桂、炮姜和鹿角膠;如患者偏氣虛，可加入黃芪、黨蔘和白朮;如患者偏血虛，可加入熟地、點那個鬼和阿膠;如患者偏痰溼，可加入茯苓、蒼朮;如患者偏血瘀，可加入水蛭、地鱉蟲和澤蘭。
