由於再生障礙性貧血是一種複雜的血液疾病，所以在治療上都是需要花費巨大的努力的，一般來說對於一些嚴重的血液疾病在治療的過程中需要遵循幾個原則問題，只有按照規定來治療，才能起到事半功倍的效果，否則治癒的希望不大。
再障治療的基本原則包括診斷和治療期間所遇到的問題，標準包括以下幾種：尋找致病原因，並及時進行隔離。如果沒有出現嚴重的初學者則建議不要輸血。一般血紅蛋白在60克/升以下時，大多影響呼吸和循環功能，需要輸血。慢性再障病程長，長期輸血容易發生反應以致不能接受輸血，或由於大量輸血體內重要臟器積存過多鐵，影響心、肝、胰腺功能，成爲“血色病”，故輸血應適當控制，避免不必要的輸血。
由於再障患者易感染，所以要嚴防感染。定時清潔皮膚，根據感染部位及病因，應用適當的抗菌藥物，如果白細胞計數很低，應用抗生素治療效果不佳時可輸用白細胞懸液或新鮮血，職出血嚴重，爲防止腦出血可輸給單採的血小板或新新血。
避免過量食用激素類藥物，對不同病人可根據情況使用，但這些藥物大多不能代替雄激素。而且這些只對慢性再障有一定的效果，對急性再障無效。
綜上所述，患者在治療的過程中應該嚴格按照醫生的要求來做，對於一些常見的治療方法，如輸血和藥物都要謹慎的使用，存在效果的同時也同樣有很大的副作用。
