目前診斷生殖器皰疹主要靠病史、症狀和體徵。在一些有條件的大醫院可做病毒分離，用免疫熒光檢查病毒包涵體，電鏡檢查病毒顆粒，酶聯免疫吸附試驗或放射免疫測定檢測病毒抗原。
具體說來，生殖器皰疹(生殖性皰疹)的組織病理有如下的特徵：
表皮內水皰，系細胞的氣球變性及網狀變性所致，皰內可見棘層鬆解細胞及多核上皮鉅細胞。真皮乳頭水腫，可見血管外紅細胞，真皮內程度不等的炎症細胞浸潤，有嗜中性白細胞、淋巴細胞等。
目前診斷生殖器皰疹主要靠病史、症狀和體徵。在一些有條件的大醫院可做病毒分離，用免疫熒光檢查病毒包涵體，電鏡檢查病毒顆粒，酶聯免疫吸附試驗或放射免疫測定檢測病毒抗原。
[實驗室檢查]
l、細胞學檢查：從皰底或潰瘍面刮取少量組織作塗片，Wright-Giemsa染色或Papanicolaou染色，可檢出HSV感染具特徵性的多核鉅細胞內的嗜酸性包涵體。但不能區別HSV感染或水痘-帶狀皰疹病毒感染，敏感性僅爲病毒分離的60%。
2、細胞培養法：從水皰底部取材做組織培養分離病毒，爲目前最敏感、最特異的檢查方法，需時5天-lO天。因其技術條件要求高，價格昂貴，目前尚不能普遍使用。
3、抗體檢測法：常用蛋白印跡法，也可用gD2作抗原檢測HSV-2抗體，具有敏感性高，且能區分HSV-l和HSV-2的優點。
4、抗原檢測法：如PCR檢測皮損HSV的DNA，敏感性和特異性高，能大大提高生殖器潰瘍病人中HSV確診的能力，但費用昂貴，且受操作技術和實驗室條件及設備的影響，容易出現假陽性，故用於臨牀診斷其準確性受影響。
[鑑別診斷]
生殖器皰疹是誤診率較高的疾病。有很多患者僅僅有一點輕度的包皮龜頭炎，即被某些別有用心的所謂醫生們診斷爲生殖器皰疹，筆者就遇到數位這樣的患者。有一些小門診部受金錢的驅使，常常誤導患者。下面介紹幾個需要鑑別診斷的疾病。
(1)龜頭包皮炎初起潮紅、糜爛，但很少出現水皰。可有滲液，包皮水腫不能上翻，有時有膿性分泌物。依據不同的病因可分爲外傷性龜頭炎、接觸性龜頭炎、感染性龜頭炎、念珠菌性龜頭炎、阿米巴性龜頭炎、滴蟲性龜頭炎、漿細胞性龜頭炎等。
(2)硬下疳爲硬性潰瘍，邊緣整齊。詳見梅毒。
(3)淋病也可發生龜頭包皮炎，但主要表現爲急性化膿性尿道炎。
(4)固定紅斑性藥疹常常由於口服磺胺類藥物或止痛類藥物引起。發生於陰部，有紅腫，常破潰，糜爛，也有復發，要仔細地詢問病史。
(5)接觸性皮炎。
