兩者的區別，根本仍在於是否內向性運用意識。體育運動除健美鍛鍊外，任何項目無一不是外向性運用意識，即精神不是專注於自己的身心活動上，而是注意在運動項目的對象上。由於精神沒和自身生命活動緊密結合，就不能發揮意識強化生命力的特殊作用。因此使氣功與體育鍛煉結果呈現出明顯的差別。可從幾個方面分述之：
一、就運動形體言：氣功着眼於神、意、氣的鍛鍊，強調以意引氣，以氣引形，形體的運動爲神、意、氣“服務”，要在“鬆靜”中體會奧妙。體育運動着眼於各種動作的鍛鍊，精神不是集中在體內，而是集中於形體的動勢或器械上，“神”的作用在於集中精力、協調全身以完成一系列動作，精神爲形體運動“服務”，各個動作需通過肌肉、肌腱……的緊張(張縮)來體現技巧。
二、就鍛鍊內容言：氣功包括涵養道德、運用意識、調整呼吸、運動形體。而體育運動主要是運動形體。
三、就人體的新陳代謝變化言：體育鍛煉要消耗大量的能量，增加體內的新陳代謝，使體內耗氧量劇增。由於體育運動主要是肌肉運動，將體內的化學能轉變爲機械能(還有一部分變爲熱能而耗散)，這就需要相應地補充營養，保證休息，以恢復體力。
四、就精神駕馭形體的形成過程言：氣功是通過內向性運用意識主動發放意識指令直接統帥形體。體育運動是通過形體運動反射性地引起精神駕馭形體。
因此，體育鍛煉是以增高人體能流的出入量來使人體生命旺盛。氣功鍛鍊則不同。練功時一般來說，尤其練功有素者，體內的耗氧量減少，新陳代謝減緩，能量消耗降低。它是通過增強人體生命活動的有序程度，對生命起重新組合(或叫整合)的作用，從而提高人體生命力。
通過現代科學研究已知，不練氣功的人，睜眼時腦電波中一般是β波占主導地位，其頻率爲每秒14—22次；而練氣功人則出現α波，頻率爲每秒8—13次。α波從枕部向前，向額葉方向推移，出現同步化。α波是和諧波，既非抑制，又非興奮，練氣功後就出現這種狀態，這表明腦子活動的有序化增強了。腦電波有序程度增強，人體生命活動也就逐步有序化，人的健康水平就提高了。
由於體育鍛煉與氣功鍛鍊在體內產生的變化不同，所以結局也不同。據統計，國外著名運動員年過中年後約有一半人的身體狀況達不到普通人水平；在國內，大約有三分之一的達不到普通人水平。而練氣功的人到老了反而身體更健康，叫“返老還童”。
其次，對人體感觸機能的作用不同。氣功鍛練使人的感觸機能敏感，體育鍛煉使人增強耐力。通過氣功鍛鍊，體內的氣充足了，能使人固有的感知機能如眼、耳、鼻、舌、身的敏感性增強，對身體冷、熱、麻、酸、脹、痛等感覺變得敏感，同時還能誘發出人體的“第六感覺”，即透視、看氣、遙感、遙測等超常智能。體育鍛煉就不同了，由於各種耐受能力的增強，對人體內外感覺能力似乎還遲鈍了，更不可能激發出特異功能。
