大量的研究表明，口腔潰瘍患者的免疫指標有些是不正常的，但也有一部分人是正常的，因此在給該病“定性”的問題上發生了分歧。
不少學者認爲該病屬於自身免疫性疾病，其根據有：病情遷延反覆，對皮質激素敏感等，有報道約70%-80%的複發性口腔潰瘍有抗口腔粘膜鹽水組織均漿的自身抗體，而對照組僅10%。
但也有人指出這些抗體對口腔粘膜是非特異性的，而且在複發性口腔潰瘍患者中均未查見抗核抗體，而作爲自身免疫性疾病主要指標之一的抗核抗體，可見於各種自身免疫性疾病，因此該病不能完全確定爲自免疫性疾病。正常人體存在着一個極其複雜而精密的免疫調節系統，包括一些免疫細胞及免疫活性細胞產生的各種因子，它們形成一個複雜的調節網絡，控制着機體的免疫功能正常進行。
儘管目前還不能把複發性口腔潰瘍明確地劃歸自身免疫性疾病的“隊伍”，但根據患者的免疫狀態進行調節仍然十分必要。因爲一個平衡而穩定的免疫系統對於抵抗疾病總是有利的。
