HIV感染的母親其嬰兒由於母體抗體的存在，用抗體檢測法通常爲陽性，但實際上只有20%-60%的嬰兒受到HIV感染，因此，對這些嬰兒進行HIV感染的早期診斷是十分重要的。現已證明30%-50%的這些新生兒可在母親的子宮裏、在分娩和引產或通過產後哺乳時從其母體感染HIV。
新生兒血清陽性者並不能說明是HIV感染，因爲母體HIV抗體可持續大約15個月之久。在一般情況下，嬰兒並不表現出HIV感染的任何症狀。病毒細胞培養法對嬰兒並不是一種可靠實用的方法，HIV特異IgM抗體的檢測在母體抗體存在下是不可能的，在過量血清抗體存在下檢出血清中的HIV抗原也是十分困難的。
另外，嬰幼兒被HIV感染後病情發展較快，早期診斷對及時採取治療措施，延緩病情發展極爲重要。目前所使用的抗病毒藥毒性大，因而不能用於HIV抗體陽性而未感染的嬰幼兒，但當用PCR檢測出HIV的RNA序列後，即可進行抗病毒治療以及加強免疫機能和營養的治療，在一項研究中，14名血清陽性母親的新生兒用PCR檢測，其中6個爲陽性；在出生後12-15個月內血清陰性的10個兒童中有5個爲PCR陽性。從血清陽性母親出生1個月的新生兒中，收集的外周血單核細胞經PCR檢測，7個爲陽性的嬰兒，其中5個在檢測後10個月得艾滋病；而PCR陰性的9個嬰兒，在16個月的追蹤檢查期間身體狀況良好。這些研究表明，PCR技術對被HIV感染母親的新生兒和血清陰性兒童進行早期的直接的HIV-1檢測是十分重要的。
