治療勃起功能障礙的藥物很多，但因勃起功能障礙病因複雜及臨牀上準確判定病因有一定困難，所以藥物治療效果難以肯定。
激素類藥物：也稱雄激素替代療法，主要用於內分泌性勃起功能障礙的治療，包括原發和繼發性性腺機能低下所引起的勃起功能障礙。
非激素類藥物：激素類藥物治療勃起功能障礙畢竟佔少數，非激素類藥物治療仍然占主導地位。
根據藥物作用的部位大致可將其分爲以下幾類：腎上腺受體拮抗劑、多巴胺類、5-羥色胺受體拮抗劑。
口服藥物：西地那非(偉哥)是特異性磷酸二酯酶Ⅴ抑制劑，可抑制cGMP降解，提高cGMP濃度，起到治療ED效果。主要有頭痛、鼻塞、面部潮紅等可耐受性不良反應。對因心肌供血不全服用硝酸甘油者禁用，心功能差者應慎用。1998年三月FDA批准上市以來，在美國國內已開處方1000萬份以上，並風靡全世界。
外用藥物：一般好的霜劑和膏劑具有以下兩個特性：必須是脂溶性，保證藥物可以穿透皮膚進入血液;能夠穿透Buck's筋膜和白膜進入海綿體。
中藥：中醫中藥治療勃起功能障礙有着悠久歷史，中醫的辯證施治對勃起功能障礙的治療有一定的療效，主要機理是壯陽補腎達到治療的目的，常用的有五子衍宗丸、金匱補腎丸、男寶、龜甲養陽片、鹿精培元膠囊等。
除藥物治療外，嚴重的ED患者還可以選擇外科手術治療，但專家提醒，一定要到正規的醫院就診。
由於多數勃起功能障礙患者存在心理性因素，所以心理治療十分必要。
