《本草綱目》分類方法有重大的發展，明代李時珍把以前本草的分類方法略加修改，將藥物分爲水、火、土、石、草、谷、菜、果、木、器、蟲、鱗、介、禽、獸、人等16部，同時又把各部的藥物按照其生態及性質分爲60類。
中草藥的種類繁多，如何分門別類大有講究，其方法是根據人們對於藥物認識的逐漸深化而不斷改變的。
《神農本草經》中按照毒性強弱、用藥目的不同分成上、中、下三品。
《本草經集註》把藥物分爲玉石、草、木、果菜、米食等六類，每類又分上、中、下三品，這是根據藥物自然屬性進行分類的開端。
《本草綱目》分類方法有重大的發展，明代李時珍把以前本草的分類方法略加修改，將藥物分爲水、火、土、石、草、谷、菜、果、木、器、蟲、鱗、介、禽、獸、人等16部，同時又把各部的藥物按照其生態及性質分爲60類。
現代的藥物分類方法則有所不同。主要有：
按藥物功能分類
如解毒藥、清熱藥、理氣藥、活血化瘀藥等。有利於學習和研究中草藥的作用和用途。
按藥用部分分類
如根類、葉類、花類、皮類等。便於學習和比較各類藥材的外部形態和內部構造，因而有利於藥材的性狀鑑定和顯微鑑定。
按有效成分分類
如含生物鹼的中草藥、含揮發油的中草藥、含甙類的中草藥等。有利於學習和研究中草藥的有效成分及其化學鑑定。
