少數“小三陽”患者發生反覆的肝功能異常是有一定原因的：
第一種原因：可能感染了一種前C區變異的乙肝病毒。這種前C區變異的乙肝病毒感染在歐洲地中海地區和亞洲地區多見，其流行率佔慢性乙型肝炎的40%～80%。這樣的患者儘管血清HBeAg陰性，體內仍存在長期的低水平乙肝病毒DNA的複製，病情仍可不斷進展。患者常伴有持續性或間歇性血清轉氨酶升高，導致進行性肝病，且干擾素治療的療效往往不佳。可以通過檢測血清HBVDNA來確診。如果HBVDNA陽性，就很可能是這種前C區變異的乙型肝炎感染。
第二種原因：乙肝病毒感染後引起的自身免疫性肝炎。這是由於感染乙型肝炎病毒後，病毒改變了肝細胞膜的一些成分，使人體的免疫系統對自身的肝細胞發動了攻擊，造成了肝損傷，多見於女性患者。可通過檢測自身抗體來確診。如果自身抗體中的某項指標為陽性，就有可能是這種乙肝病毒感染後的自身免疫性肝炎。推薦閲讀：小三陽治療要選對時機
第三種原因：可能重疊感染了其它肝炎病毒。曾經有一位e抗原陰性的乙肝患者，肝功能反覆異常，久治不愈。最後，為他檢測了丙型肝炎抗體，結果為陽性，確診為乙型肝炎重疊丙型肝炎病毒感染。乙型肝炎患者還容易重疊丁型肝炎感染，可以檢測一下丙型肝炎病毒和丁型肝炎病毒的指標。
第四種原因：肝炎病毒以外的原因。不知你是否長期飲酒，同時存在酒精性肝炎；也不知你B超是否合併有脂肪肝；還有，你是否並存其他影響肝臟的疾病或長期使用一些影響肝臟的藥物等等。
