肛瘻病初期雖以流膿流糞、疼痛為主要症狀，但長期不治，也會出現排便不暢的症狀，而排便不暢症狀的出現通常預示着肛瘻病情的複雜。
肛瘻病的常見五症狀：
1．流膿是常見的肛瘻症狀：膿液的多少，因瘻管的長短、大小而不同。新生成的肛瘻流膿較多，膿稠，味臭，色黃，以後逐漸減少，時有時無，呈白色，質稀淡。如忽然膿液增多，表示有新瘻管生成。有時外口暫時封閉，流膿停止，體温上升，局部腫脹，再度形成膿腫。封閉的外口再穿破或形成另一新外口，又有膿液流出。內外瘻粗大者，有時糞便和氣體由外口流出。
2．肛瘻症狀還表現在疼痛：如瘻管引流通暢，一般不感疼痛，僅感覺在外口部位發脹不適，行走時加重。
3．瘙癢：肛門周圍皮膚因分泌物經常刺激，感覺潮濕搔癢，可出現皮膚變色，表皮脱落。
4．排便不暢屬於常見的肛瘻症狀：多見於蹄鐵形肛瘻，因瘻管圍繞肛管，形成半環狀纖維索環，因而影響肛門舒張，可出現排便不暢。
5．全身症狀：一般肛瘻症狀瘻常無全身症狀，但複雜性肛瘻和結核性肛瘻，因病期長，有的帶病數十年，常出現身體消瘦、貧血、便祕和排便困難等症狀;如繼發感染，再發膿腫時，則出現膿腫的症狀。
