黄色肉芽肿性肾盂肾炎是一种较少见的特殊类型的感染性肾小球间质性肾炎，目前其发病原因和发病机制尚未完全明显，可能与以下因素有关。
一、细菌感染
细菌感染会导致肾组织炎症，如肾组织存在长期慢性炎症，将使肾组织发生持续性破坏，脂质释放，被组织细胞吞噬而形成黄色瘤细胞。
二、尿路梗阻合并感染
泌尿系结石、男性前列腺疾病（如前列腺增生、前列腺肥大）等都可导致尿路梗阻合并感染，导致黄色肉芽肿性肾盂肾炎。
三、脂代谢异常
类脂质胞浆沉积使巨噬细胞逐渐转变成泡沫细胞，成堆的泡沫细胞占据肾间质并激发局部组织的免疫性纤维反应，引起T淋巴细胞及浆细胞的聚集，并分泌有关的生长因子如纤维母细胞生长因子，进而引起肾间质的缓慢纤维化，早期的黄色肉芽肿就初步形成。
四、免疫功能紊乱
大多数黄色肉芽肿性肾盂肾炎患者的免疫功能低下，免疫功能低下将增加细菌感染的机率，诱发此病。
五、创伤后机体的过度反应
有学者认为，肾脏的隐匿性创伤未得到及时的处理很可能是日后感染灶的基础。由于肾的隐匿创伤后局部的炎性物质和代谢产物未能及时吸收，局部肾小管上皮细胞受不断刺激释放过多的类脂质，使单核吞噬细胞趋化、吞噬与增殖。
