1、肾功能衰竭
肾结石的最主要危害就是会导致肾功能衰竭。如果任凭肾结石发展，最后可会发展为肾脏功能衰竭，即常说的尿毒症。其次，输尿管肾结石如果堵塞输尿管后，肾脏内的尿液不能顺利排出，就会导致肾脏积水，尿液长期积存在肾脏内，继发感染，甚至出现尿毒症，威胁肾结石患者生命。
2、局部损伤
肾结石的出现会造成局部损伤，小而活动度大的结石，对局部组织的损伤很轻，大而固定的鹿角状肾结石可使肾盏、肾盂上皮细胞脱落，出现溃疡、纤维组织增生、中性粒细胞和淋巴细胞浸润，以致纤维化。这也属于肾结石的危害之一。
3、引发尿路梗阻
这也是肾结石的危害，也是继发肾损害的主要原因。肾结石致泌尿系管腔内堵塞可造成梗阻部位以上的积水。肾结石造成肾盂积水过久，排尿受阻，梗阻以上部位承受压力过大，肾脏血流减少，使肾功能下降或完全失效。
