1.局部感染的扩散
肛瘘发生的早期阶段，感染一般局限于肛周1个间隙，随着感染加重。脓腔压力增高，感染播散至其他间隙，如向对侧通道扩散会形成马蹄形肛瘘，通常出现在肛门后部，或者在前部通过会阴体播散，或向内外括约肌间问隙播散，形成高位经括约肌瘘和括约肌卜瘘。这峰扩散发乍越频繁，瘘管的位置就越高，它们会同时发生从而使治疗更加复杂。
2.其他有关疾病的因素
复杂肛瘘经常伴发其他全身系统性疾病，如克罗恩病累及肛门导致克罗恩病肛门，肛周多发瘘管;也可由局部因素造成，如骶前囊肿继发感染、化脓性汗腺炎，切开引流导致的“肛瘘”，虽反复切开挂线，但伤口仍不能愈合。还有患者因其他系统性疾病而影响伤口愈合，如糖尿病、肿瘤化疗、血液病等，使简单肛瘘长期不能愈合，也是导致复杂肛瘘的原因之一。
3.人为因素导致肛瘘复杂
人为凶素导致肛瘘复杂化，临床遇到的十分困难的高位复杂性肛瘘无一例外地均有多次手术史。每一次针对性不强、日的不明确的手术都有可能使本已十分困难的问题变得更加复杂化。肛瘘术中探查不仔细、人为造成内口或遗留残余支管等因素都可以造成简单肛瘘复杂化。
因此应强调术前仔细检查，包括特殊检查如经会阴或直肠超声、CT/MRI、瘘道造影等均有助于判断瘘道走行和内口位置。但也不能忽略术中探查。简单的探针检奁町提高肛瘘治疗的准确性。另外，在瘘管切除或切开过程中，注意分辨瘘道走行可减少遗留支管。
