有关条件性致病菌感染的治疗，目前有以下几种：
（1）卡氏肺囊虫肺炎：可选复方磺胺甲思唑（TMPCo）或戊双脒单用或二者合用，均有一定疗效，但条件性感染即使被控制，免疫缺陷也依然存在，仍可以重新感染，因而预后较差。
（2）新型隐球菌感染：不论脑、肺感染还是全身性感染，均可用两性霉素B和5-氟胞嘧啶。前者毒性和副作用较大，必须由小剂量开始。
（3）细菌感染：根据不同细菌及其药敏反应来选用不同的抗生素。对非典型鸟型分枝杆菌感染的治疗与抗结核治疗相同，但时间稍长。
（4）艾滋病病毒性感染：主要靠对症支持治疗。
