南巡一路波折在隨皇阿瑪“南巡”途中，山東正鬧饑荒，小燕子一激動，將隨身攜帶的食物全部給了災民，乾隆也只好忍飢挨餓。山東地方官爲了討好乾隆，用山珍海味款待，小燕子、永琪、爾康、紫薇聯想到災民慘狀，忍不住大鬧酒席，乾隆也被他們的正義行爲所感動。“南巡”路上，紫薇和爾康恩恩愛愛，永琪和小燕子快快樂樂，只有晴兒和蕭劍陷入相愛卻不能相聚的痛苦之中，小燕子對哥哥的痛苦看在眼裏，掛在心中。到了杭州，她與永琪、紫薇、爾康商量好，偷偷安排了一條船，掩護晴兒與蕭劍相會，衛兵誤以爲刺客，欲登船擒拿，小燕子等人倉卒出手，打鬥驚動了皇上和皇太后，也暴露了晴兒與蕭劍的戀情，受到了太后的斥責。此時乾隆無心關注兒女之事，因爲他的心已被青樓美女夏盈盈所迷，並宣稱要封夏盈盈作妃子。此事驚動了太后和皇后，皇后爲保全皇帝的聲譽，呈血書懇切力諫，乾隆大怒，將皇后遣回京城。皇后幾年來洗心革面修復的夫妻之情傾刻化爲烏有，最終只能面對“削髮爲尼”的結局。其實在南巡路上，大家還認識了海寧陳邦直的小女兒知畫，太后看她溫柔嫺雅，又多才多藝，決定把她帶回京城，而知畫和她的父母竟然毫不猶豫地答應了。晴兒看到知畫來到太后身邊，頗得太后歡心，決定和蕭劍遠走高飛。爾康又假傳聖旨，用金牌令箭放走了他們，乾隆大發雷霆，無奈之下，蕭劍和晴兒這對苦命鴛鴦又趕了回來。
幕後製作製作班底《還珠格格》自從籌拍第三部之日起，一直希望能夠以原班人馬拍攝。一番動員過後，原班人馬除了周杰外，趙薇、林心如、蘇有朋等都無檔期，瓊瑤不得不發動劇組重新物色演員。經過在北京近一個月的挑選，瓊瑤終於敲定三個主要男演員名單。最終的演員名單確定下來，黃奕飾演小燕子，馬伊琍飾演紫薇，古巨基飾演五阿哥，周杰飾演爾康，黃曉明飾演蕭劍，“晴格格”仍由王豔扮演，太后還是由趙敏芬扮演，狄龍飾演乾隆皇帝，劇中新增的角色緬甸公主一角由劉濤來扮演，演員秦嵐在劇中扮演一個全新的角色，間隔在小燕子和五阿哥情感糾葛中的17歲女孩知畫。創作背景1998年，《還珠格格》第一部在北京有線電視臺播出時的收視率是44%；1999年，《還珠格格》第二部在北京、上海及湖南臺播出時平均收視率分別是 48%、55%和50%，最高點突破65%。《還珠格格第三部》作爲續集倍受期待，馬伊琍也是備受期待。
影片評價正面評價《還珠格格3》的整體制作的確非常精良，服裝華麗、畫面唯美、特技精彩。服裝和場面比前兩部精緻，象陣”與“馬陣”對壘的大場面戰爭戲，十分壯觀。還把故事發生地放到異國氛圍中，民族風情濃厚。負面評價是一部“狗尾”之作，劇情離譜。除了周杰飾演爾康不變外，其他主要角色都更換了演員，新演員在表演的時候無法擺脫前任演員的影子，無法表現出演員自己的表演本色，反而畫虎不成反類犬，成了整部劇最大的敗筆。
