小兒原發性腎病綜合徵都有以下併發症：
1．感染 腎病患兒極易罹患各種感染。常見爲呼吸道、皮膚、泌尿道感染和原發性腹膜炎等，其中尤以上呼吸道感染最多見，佔50％以上。呼吸道感染中病毒感染常見。細菌感染中以肺炎鏈球菌爲主，結核桿菌感染亦應引起重視。另外腎病患兒的醫院感染不容忽視，以呼吸道感染和泌尿道感染最多見，致病菌以條件致病菌爲主。
2．電解質紊亂和低血容量 常見的電解質紊亂有低鈉、低鉀、低鈣血癥。患兒可因不恰當長期禁鹽或長期食用不含鈉的食鹽代用品、過多使用利尿劑以及感染、嘔吐、腹瀉等因素均可致低鈉血癥。臨牀表現可有厭食、乏力、懶言、嗜睡、血壓下降甚至出現休克、抽搐等。另外由於低蛋白血癥，血漿膠體滲透壓下降、顯著水腫、而常有血容量不足，尤在各種誘因引起低鈉血癥時易出現低血容量性休克。
3．血栓形成 NS高凝狀態易致各種動、靜脈血栓形成，以腎靜脈血栓形成常見，表現爲突發腰痛、出現血尿或血尿加重，少尿甚至發生腎衰竭。但臨牀以不同部位血管血栓形成的亞臨牀型則更多見。除腎靜脈血栓形成外，可出現：①兩側肢體水腫程度差別固定，不隨體位改變而變化。多見有下肢深靜脈血栓形成；②皮膚突發紫斑並迅速擴大；③陰囊水腫呈紫色；④頑固性腹水；⑤下肢疼痛伴足背動脈搏動消失等症狀體徵時，應考慮下肢動脈血栓形成。股動脈血栓形成是小兒NS併發的急症之一，如不及時溶栓治療可導致肢端壞死而需截肢；⑥不明原因的咳嗽、咯血或呼吸困難而無肺部陽性體徵時要警惕肺栓塞，其半數可無臨牀症狀；⑦突發的偏癱、面癱、失語、或神志改變等神經系統症狀在排除高血壓腦病、顱內感染性疾病時要考慮腦栓塞。血栓緩慢形成者其臨牀症狀多不明顯。
4．急性腎衰竭 5％微小病變型腎病可併發急性腎衰竭。 5．腎小管功能障礙 除原有腎小球的基礎病可引起腎小管功能損害外，由於大量尿蛋白的重吸收，可導致腎小管（主要是近曲小管）功能損害。可出現腎性糖尿或氨基酸尿，嚴重者呈Fanconi綜合徵。
