有些不孕不育夫婦身體健康，常規的檢查也未發現器質性或功能性生殖系統疾病，但就是不能生育。近代的研究發現，這很可能和雙方的免疫反應有關。
免疫反應是機體對進入體內的異物的一種防疫反應。如果異物是抗原物質（如蛋白、多肽等），機體就會按着抗原的特性，產生相應的抗體來中和這種抗原，以達到清除體內異物的目的。這就是抗原抗體反應，即免疫反應。如果人體內的某種免疫反應影響了生育能力，則會發生免疫性不孕不育。
影響生育的免疫反應有兩類：一類是男方的自身免疫;另一類是女方的同種免疫。
自身免疫是男性精子、精漿等溢出生殖道進入自身的周圍組織，造成自己身體的免疫反應，在體內產生相應的抗體物質，影響精子的活力。
人的精液由精子和精漿兩大主要成分組成，這兩種成分中都含有許多蛋臼質，這些蛋白質都可成爲一種抗原。但是由於睾丸中有一種叫“血睾屏障”的結構，可將精子保護於男性生殖道中，防止血液中的免疫細胞與精子接觸，所以不會產生免疫反應。另一方面，精漿中又含有一種免疫抑制因子，可以對免疫反應產生抑制，所以精子進入女性生殖道後也不會發生免疫反應。
但當有損傷、炎症、梗阻因素存在時，“血睾屏障”受到破壞或免疫抑制功能發生障礙，致使精子溢出生殖道之外，進入周圍組織到血液中，成爲一種異物起到了抗原作用，刺激機體的免疫系統產生一種對抗自身精子的抗體來與之中和。所以說，男子免疫性不育是抗精子抗體與精子自相殘殺的結果。
由此可見，導致免疫性不孕不育的因素可能來自男方，也可能來自女方，或是來自男女雙方。主要的原因是男女生殖道炎症、損傷以及月經期性交和不潔性生活等。
