早泄的原因是複雜的，這其中大部分是非器質性的，受大腦和脊髓中樞興奮性增強的影響，少數爲器質性疾病所引起。引發早泄常見的器質性因素有以下幾種：
身體素質差異
早泄者的陰莖海綿體肌的反射比非早泄者快。這可能是由於血中睾酮含量偏高，使射精中樞興奮性增高，閾值下降，射精中樞容易興奮所致。但是絕大多數早泄患者的內分泌功能基本正常，這種觀點尚有待於進一步研究。
引起交感神經器質性損傷的疾病
如盆腔骨折、前列腺增生、動脈硬化、糖尿病等疾病可直接影響射精中樞，使射精中樞控制能力下降而產生早泄。
生殖器官疾病
陰莖包皮繫帶過短，妨礙充分勃起;慢性前列腺炎患者早泄的發病率在40﹪~50﹪，因此有學者提出這可能與早泄的病理變化有關，慢性泌尿系感染會使會陰部與射精反射相關的肌肉組織長期處於慢性充血水腫、易激惹狀態，稍有性刺激即可出現性興奮而很快射精。
中樞5-羥色胺系統功能紊亂
中樞內正常濃度的5-羥色胺可以抑制射精反射，當其功能發生紊亂而濃度降低或5-羥色胺受體敏感性下降時，患者的射精潛伏期就會縮短而出現早泄。
