西地那非被認爲是治療陽痿最有效的口服藥，臨牀總有效率爲77﹪，臨牀應用上總體講是安全、可靠的，常見的不良反應有頭痛、面色潮紅、消化不良，少數患者有鼻塞、視覺異常、腹瀉、血壓下降、皮疹等，但大多都是輕至中度，且爲一過性，未見異常勃起發生的報道。
證據舉例
在1998年一項涉及四千多例患者的安全性實驗研究結果顯示，因不良反應而停藥者在西地那非治療組和安慰劑對照組分別爲2.5﹪和2.3﹪，心血管不良反應發生率爲3﹪和3.5﹪，其中80﹪爲輕度，僅0.9﹪因此而停藥。嚴重的不良反應如心肌梗死、心絞痛的發生率兩組均無顯著差異，這提示西地那非應用安全，易於耐受。
產生不良反應的原因
有報道稱西地那非會改變視覺，有3﹪~6﹪的患者服用西地那非後出現色盲及視覺模糊，這是西地那非對於分佈於視網膜上的磷酸二酯酶-1作用的結果。儘管視覺上的障礙是短暫的，停藥後一般立即消失，但對於飛行員、晚上依賴熒光屏工作的人應慎用。
不良反應的出現與磷酸二酯酶-5的分佈有關，人體許多組織中都含有磷酸二酯酶-5，如血管平滑肌、支氣管、食管、肛門括約肌、尿道、前列腺甚至血小板中均有分佈。因此有凝血障礙及活動性潰瘍的患者也應慎用。
