多由血熱腸燥，大便祕結，排便過於用力，使肛門皮膚破裂，反覆而發病。《醫宗金鑑·外科心法要訣》中說：“肛門圍繞，折紋破裂，便結者，火燥也。”扼要闡述了因熱結腸燥，或因陰虛津虧而致大便祕結，排便用力，使肛門皮膚裂傷，隨後又繼發感染，逐漸形成慢性、梭形潰瘍。但也有因肛管狹窄、肛門溼疹、痔瘡損傷等感染而發病。具體地講，本病的發生主要與下列因素有關：
(1) 感染學說：肛管上端齒線處的特殊結構如肛竇、肛門瓣、肛乳頭、肛腺等，容易被幹硬的糞團下移時所損傷，使局部產生感染和炎症，或導致肛腺阻塞化膿，潰破後形成肛裂，由於局部炎症刺激，括約肌痙攣，血液供應不足，傷口久不癒合，形成慢性潰瘍。
(2) 解剖上的缺陷學說：肛裂多發生於肛門後位，主要是由於外括約肌淺層在肛管前後方各形成"Y"形薄弱區，恥骨直腸肌又加強肛管兩側的力量。因此肛門後部及前部不如兩側堅強。肛管向下後與直腸後壁形成一角度。排便時，乾燥的糞便對肛門後方薄弱區的壓力最大，又因肛管之後中線血運差，彈力較少，故造成肛門後方易受傷撕裂。這就是肛裂裂口的位置常發生於後方的原因。
(3) 外傷學說—肛門狹小學說：大多數學者認爲乾硬糞團通過肛管時，易引起肛管撕裂，尤其是肛門先天性發育不良者，更易受到損傷。
(4) 括約肌痙攣學說：肛門外括約肌皮下部由於病理性因素，纖維化而失去柔軟的特性，在肛門外括約肌淺層"Y"形薄弱區下端形成無彈性的橫閘，當乾硬糞團通過肛管時，此薄弱區容易破裂而出現裂口，裂口久不癒合形成慢性潰瘍。
以上幾種學說的共同特點是與排出乾硬糞便有關，又與局部解剖結構有明顯的因果關係。可以說肛裂的發生是多種致病因素相互作用的結果。
