1、手術切除：
採取手術方法，切除囊腫壁的腎外部分並引流。這種治療方法被證實療效頗佳。但是這個治療方法適用於，保守治療後無效果的患者，而且需要根據患者自身的情況，來決定是否能採取手術治療。它的優點是治療徹底，但損傷大，恢復慢且費用較高。
2、穿刺療法：
對於4cm大小的腎囊腫患者，可實行穿針刺療法，從皮膚刺入囊腫，吸出囊液，暫時性減輕疼痛。這麼做雖然避免了開刀之苦，但穿刺後病情易反覆發作，對患者造成了極大的損害。而且腰部會遺留較長的手術疤痕，囊腫在手術半年後還會繼續增大。腎穿刺優點是治療簡單，不用太痛苦且費用較低，任何部位的囊腫除腎盂旁囊腫外，都可治療，缺點就是易復發。
3、西醫療法：
西醫治療方法見效快優勢突出，但具有一定的副作用傷害，一般不建議患者，長期使用西醫治療方法。
4、中醫治療：
中醫治療方法大多注重扶正固本，理氣活血，標本兼顧。中醫的治療方法大多見效比較慢，但是效果穩定，副作用少，不宜復發。現在治療腎囊腫多以中醫爲主。
