一、特殊治療
1、腎囊腫的治療非常重要，當排泄性尿路造影腎斷層X線攝影術，超聲影象及CT仍未能做出最一診斷，可選擇作血管造影而經皮囊腫穿刺抽吸則作爲下一步診斷手段，這既可在X線熒光屏監視下也可在超聲影象監測下進行。發現清亮的囊液是令人鼓舞的徵象但抽吸液仍應做細胞學檢查。
2、腎囊腫的危害非常大，應及早發現，及早診斷，及早治療。但是當診斷仍有疑問時可考慮手術探查。
3、在腎囊腫的診斷過程中，如明確診斷可考慮保留囊腫，畢竟囊腫損害腎臟的情形罕見。
二、併發症的治療
腎囊腫的發病多是由於受到不良因素的感染而導致的。當囊腫併發感染時應加強抗菌素治療，儘管Muther和Bennett1980年發現囊液中抗菌素所能達到的濃度很低。因而常常需行經此穿刺引流經此穿刺引流失敗的話，採取手術切除囊腫壁的腎外部分並引流，也被證明療效頗佳發生腎積水時，切除引起梗阻的囊腫壁可以解除輸尿管梗阻。
三、小的腎囊腫治療
對於小的腎囊腫，無症狀時不需要做任何治療，但要定期複查，觀察囊腫是否繼續增大。無症狀者應經常進行尿液檢查，包括尿常規、尿培養，每半年至1年進行一次腎功能檢查，包括內生肌酐清除率。由於感染是本病惡化的重要原因，所以不在十分必要時，不要進行尿路創傷性檢查。
四、手術切除囊腫
腎囊腫穿刺作用不大，不僅易於感染，易於復發，而且經觀察也不能延緩腎功能損壞的發生。腎囊腫手術切除囊腫也不是一件容易的事，因爲腎表面的囊腫可以切掉，但要切掉埋在腎臟深部的囊腫就相當困難。腫物較大且有惡變可能時，可以進行手術探查，如果證實爲良性囊腫，可將腎表面的囊壁切除，邊緣用腸線與腎實質連續縫合，殘留囊壁塗以碘酊。一側腎實質廣泛破壞，對側腎功能正常者，可行腎切除術。如果是雙側多囊腎，則需要移植一個健康腎臟，再切掉兩個多囊腎。醫學發展至今，這可能是治療嚴重多囊腎的最好方法。
99藥劑師溫馨提示在選擇治療方法的同時，不要盲目選擇，需要根據自己的病情，有針對性的選擇治療方法。多囊腎治療方法重在早，在多囊腎還小的時候進行治療，此時腎功能正常，預後也較好。病人檢查出多囊腎後，要保持樂觀的心態，對身體恢復健康有積極作用。
