引起睡眠呼吸暫停綜合症的原因很多，有全身性的疾病，如肥胖、糖尿病、甲狀腺功能低下、肢端肥大症等內分泌系統及神經系統疾病。此病也能由咽部窄小或阻力增高引起，如鼻中隔偏曲，鼻息肉，扁桃體肥大，咽部鬆弛，懸雍垂過長。舌體肥大，舌根部腫瘤、舌後綴，頜面部發育畸形，如小頜畸形等。小兒多由於扁桃體肥大及腺樣體肥大 。
醫學研究證實，打呼嚕發生的主要原因爲鼻和鼻咽、口咽和軟齶及舌根三處發生狹窄、阻塞，再加上睡眠時咽部軟自制鬆弛、舌根後墜等導致氣流不能自由通過咽部的氣道，振動咽部軟組織就會發出一種巨大的鼾聲--打呼嚕。
人在睡眠時全身放鬆，如果鼻咽喉這三個部位有阻塞，氣流衝擊狹窄的部位，引起共鳴腔的振動而發出不同程度的響聲。氣道阻塞越重呼嚕聲就越響，當阻塞的程度較重時，就會出現吸氣困難乃至呼吸停止，繼而缺氧和二氧化碳瀦溜，血液內爲低氧血癥和高碳酸血癥，刺激中樞發出指令，呼吸肌強烈運動，將肺內的氣體排出，然後深吸一口氣，這就形成阻塞性睡眠呼吸暫停綜合徵。由於體內缺氧和二氧化碳瀦溜，全身各個部位都會受到不同程度的損害，尤其是心血管系統和中樞神經系統，表現爲心率失常，心肌受損，高血壓，白天精神萎靡不振，無精打采，注意力不集中，工作效率低下。
