難治性重症肌無力是指一般的手術治療和藥物治療都不能夠達到有效治療。重症肌無力的治療一般包括激素、免疫抑制劑和胸腺切除術，如患者符合條件，通常應先行胸腺切除術，療效不佳或不符合手術條件者行藥物治療。藥物治療無效或需要較大劑量方能控制病情患者患者即考慮爲難治性重症肌無力。正常劑量的藥物對難治性重症肌無力患者基本無效，大劑量治療又會引起嚴重不良反應或併發症，治療用藥很難決策。臨牀一般根據患者併發症和不良反應出現情況，以及患者意願選擇治療藥物。
①硫唑嘌呤：4～12個月才能出現療效，最大效應需6～24個月，需長期免疫治療者與激素合用，保持硫唑嘌呤的劑量不變並逐步減少激素劑量。
②環孢素：治療難治性重症肌無力證據可靠，但因其不良反應較嚴重，即使在正常劑量範圍內也較容易發生腎功能異常和高血壓，而僅用於硫唑嘌呤無效或不能耐受者。
③黴酚酸酯：器官移植後的常用藥物，初步研究發現對重症肌無力療效較好，除胃腸道不適外其他不良反應較少，亦可用於硫唑嘌呤無效或不能耐受者患者。
④環磷酰胺：療效較好，但由於不良反應較多，主要不良反應包括骨髓抑制、肝功能異常、機會性感染以及閉經等，而僅用於不能耐受激素或對激素加硫唑嘌呤、甲氨蝶呤、環孢素或黴酚酸酯無效的患者。
⑤他克莫司：療效較好且起效較快，主要不良反應是高血糖和腎功能異常，可用於其他藥物控制不良的患者。
